1460
Избранные статьи, видео и подкасты о физике, биологии, космосе @globchan По всем вопросам писать @twentydraft P.S. Часть тегов честно сжижена отсюда vk.com/advanced_biologist
Плавунец окаймлённый (Dytiscus marginalis) - один из самых крупных водных жуков, обитающих в наших водоёмах. Особенно экстравагантной внешностью обладают его личинки - достигающие пяти сантиметров зверюшки наапоминают какую-то разновидность водных зергов. Обычно они неподвижно висят в воде, приткнувшись попкой к водной глади: личинки не имеют жабр и вынуждены дышать атмосферным воздухом. Их основное занятие - поедать водную живность (от личинок комаров до рыб в несколько раз больше себя) и радовать журналистов региональных новостей: встреча с насекомым дитятком - отличный повод написать паническую статью «насекомые-мутанты атакуют Мухосранск».
Пищеварение у личинок наружное - как, например, у пауков. Каналы, пролегающие в кривых серповидных жвалах, подают в тело жертвы пищеварительный сок, растворяющий внутренности. Затем хищница всасывает получившийся питательный суп, словно через трубочку.
Chrysomallon squamiferum -- единственный известный организм, который использует сульфид железа для своей раковины!
Эта улитка обитает около глубинных геотермальных источников. Соединениями железа покрыта не только её раковина, но и уникальная чешуя на мускулистой ноге -- склериты.
Это животное не только покрывает себя железной чешуей, но и питается растворёнными в воде солями железа -- симбиотические гамма-протеобактерии в кишечнике окисляют сульфиды, поставляя в организм улитки энергию, а она в свою очередь эффективно собирает для них кислород.
Артур Залевский
Околонаучный ФБ захлестывает волна AlphaFold2/CASP хайпа. Прежде чем фанаты AI (в смысле ML) спишут мою профессию в синие воротнички, позвольте обратить ваше внимание на несколько моментов:
1. Во-первых, AlphaFold не решает проблему фолдинга. В том смысле, что они предсказывают финальную структуру, но ничего не говорят о том, как она достигается в живой клетке. Практически идентично, в миллиардах живых клеток, ежесекундно. Но именно на нарушении (а правильнее даже сказать управлении) процессом фолдинга в живой клетке основаны эффекты многих мутаций и лекарств.
2. Они тренировались на полном банке PDB и, соответственно, предсказывают такие же усредненные структуры. Для многих белков, например Ca2+ зависимых сенсорных белков, которые кардинально меняют конфигурацию в зависимости от условий, это может иметь очень существенный эффект.
Более того, по-факту, AlphaFold предсказывает только ограничения на положения некоторых аминокислот и фрагментов белка, которые потом собираются в финальную структуру старыми добрыми алгоритмами и подходами родом из 90х, если не раньше. (google Modeller)
3. Текущие метрики приводятся на основании данных по доменам, но не целым белкам. Некоторые белки состоят из заметного числа доменов, чья взаимная пространственная ориентация может иметь существенный эффект на структуру и функцию белка. Особенно в динамике.
4. Точно предсказания даже по Ca атомам все равно весьма примерная. Цитата: These are for single domains-not whole proteins-and there are a few poor predictions. So corner cases remain but core problem appears solved: 88% of predictions are <4Å, 76% <3Å, 46% <2Å.
При этом даже 0.6Å достаточно, чтобы кардинально повлиять на результаты докинга и, соответственно, дизайна лекарств.
Не говоря уже о положениях отдельных боковых радикалов аминокислот. Там нередко одна аминокислота может сломать весь докинг/моделирование реакции. И люди десятилетями бьются чтобы понять, в какой же конфигурации и состоянии эта аминокислота (привет-привет Glu197 в ацетил- и бутирил- холинэстеразах человека. Остаток, из-за которого, в том числе, до сих пор нет эффективных антидотов для органофосфатов. Все же помнят Навального и "Святой источник"?)
5. Автоматизированные высокопроизводительные подходы порождают иллюзию уверенности. Вот сейчас-то мы сможем все! Структурная биология встала с колен, хо-хо! Нет. Достаточно посмотреть на предсказанные структуры всех белков SARS-CoV-2 одним из лидеров упомянутого CASP challenge. Их нуклеокапсидный белок (для которого, между прочим, известно аж 60-70% структуры в виде X-ray структур!) не вызывает ничего, кроме истерических слез. Но, я более чем уверен, кто-то на полном серьезе будет делать докинг препаратов в нее и на голубом глазу утверждать, что вот сейчас то они придумали лекарство!
P.S. Но вообще, конечно, товарищи молодцы. Возбудили невероятный интерес к классической теме и, если смотреть их выступления на специализированных эвентах, рассказывают все аккуратно и со всеми оговорками. К сожалению, популяризация снова победила науку :(
И, конечно, ждем детального описания и кода, чтобы поиграться! xD
Неожиданная параллель между академией и преступным миром. Социально-экономическая структура академических учреждений похожа на банды, торгующие наркотиками, и прочие криминальные организации.
В этой аналогии профессора - воры в законе, постдоки и PI - это капо (или лейтенанты), а аспиранты и студенты - обычные солдаты или рядовые, которые стоят на углах и конкурируют с другими рядовыми в области публикаций первака (статей первым автором), отжимают области цитирования, получают незначительную компенсацию за большие расходы своей жизни и нервов. В это же время завлабы (паханы) получают безусловное авторство и первую дележку грантовых денег.
АУЕ - академический уклад един
https://blogs.lse.ac.uk/impactofsocialsciences/2013/12/11/how-academia-resembles-a-drug-gang/
28 апреля 2020 года астрономы зарегистрировали быстрый радиовсплеск в Млечном пути. До сих пор эти короткие, но крайне мощные вспышки наблюдались лишь в других галактиках. Благодаря тому, что радиовсплеск совпал с рентгеновским всплеском магнитара, ученым удалось точно определить его источник. Им стала сильно «намагниченная» нейтронная звезда, или магнитар, SGR J1935+2154, находящаяся в 30 тысячах световых лет от Земли в созвездии Лисички.
Версия, что подобные вспышки могут порождаться магнитарами, существовала уже давно, но теперь у ученых впервые появились прямые доказательства. Благодаря тому, что область неба, где находится SGR J1935+2154, наблюдали одновременно несколько инструментов, включая CHIME, STARE2 и 500-метровый радиотелескоп FAST, исследователи смогли более детально изучить событие. Чтобы понять, что открытие означает для астрономии, а также на какие новые вопросы придется теперь ответить ученым, мы поговорили с доктором физико-математических наук, ведущим научным сотрудником Государственного астрономического института имени Штенберга (ГАИШ МГУ) Сергеем Поповым.
https://meduza.io/feature/2020/11/05/chto-to-shipit-treschit-i-schelkaet-astronomy-davno-sporyat-o-prirode-strannyh-korotkih-radiosignalov-seychas-ih-istochnik-vpervye-nashli-v-mlechnom-puti
Рядом оляпка (Cinclus cinclus) промышляла водяными насекомыми. Её я тут уже показывал, но такую преккрасную булочку и два раза не грех запостить. Тем более это уникальная птица - ведь оляпки единственные из ворбьинообразных добывают пищу, подолгу плавая в пресной воде. Причём круглый год - и нет, на зиму они никуда не улетают, а продолжают моржевать, бороздя холодные реки.
Читать полностью…
Initial states:
m: 1.637 x: -7.586 y: -8.681 vx: -0.039 vy: -0.028
m: 7.617 x: 0.310 y: 5.609 vx: 0.806 vy: 0.173
m: 2.975 x: -4.561 y: -4.319 vx: 0.031 vy: -0.443
Interest-ness score: 69
NASA Earth Observatory Image of the Day latest record:
East Troublesome Fire Spreads to the Rockies
https://earthobservatory.nasa.gov/images/147452/east-troublesome-fire-spreads-to-the-rockies
Черепахи оказались санитарами австралийских рек
Человеческая деятельность привела к деградации пресноводных экосистем по всему миру. В результате значительно участились случаи массовой гибели рыбы из-за отравления сточными водами и нехватки кислорода в воде. Подобные явления считаются серьезной угрозой экологическому балансу рек и озер, ведь разлагающаяся рыба ухудшает качество воды, повышая концентрацию нитратов и аммония и стимулируя бурное размножение одноклеточных водорослей.
Смягчить последствия массовой гибели рыб могут падальщики, например, пресноводные черепахи. В отличие от сухопутных сородичей, они в основном питаются животной пищей и с удовольствием включают в свой рацион мертвечину. По оценке экологов, только в австралийской речной системе Муррей-Дарлинг три местных вида черепах в 1970-1980 годах ежедневно съедали по 430 тонн падали.
Команда специалистов во главе с Рики-Джоном Спенсером (Ricky-John Spencer) из Университета Западного Сиднея решила больше узнать о том, как присутствие черепах влияет на качество воды в реках. На первом этапе исследования зоологи провели полевой эксперимент в четырех точках на реке Муррей, где предварительно оценили численность черепах (самой многочисленной оказалась окаймленная короткошейная черепаха (Emydura macquarii)).
https://nplus1.ru/news/2020/09/19/turtles-scavenging
Ученые нашли диких предков новогвинейских поющих собак
Новогвинейские поющие собаки — самые крупные хищники современной Новой Гвинеи. Внешне они напоминают уменьшенную версию австралийских динго, однако отличаются от них морфологией и поведением, в первую очередь — необычным голосом. Звуки, которые издают поющие собаки, описывают как смесь волчьего воя с пением китов.
Новогвинейские поющие собаки считались вымершими в дикой природе, однако команда исследователей обнаружила, что предковая популяция этих хищников все еще живет в горах на западе Новой Гвинеи. Открытие поможет увеличить генетическое разнообразие поющих собак из зоопарков, которые страдают от последствий близкородственного скрещивания. Результаты исследования опубликованы в статье для журнала Proceedings of the National Academy of Sciences.
https://nplus1.ru/news/2020/09/01/singing-dogs
Новости нашего фьорда. Сегодня в залив волнами нанесло всяческого планктона. Самые заметные среди него - гребневики Beroe cucumis.
Вообще гребневики, они же ктенофоры - группа крайне специфичная, непонятно, кому родственная и не такая, как все. Вот, скажем, нервная система, которая у них представлена нервной сетью с кольцом вокруг рта. Так, у них нет генов и ферментов, нужных для производства серотонина, дофамина, норадреналина и прочих нейротрансмиттеров. Зато используют в качестве нейромедиатора L-глутамат и имеют к нему кучу разнообразных рецепторов. А генов, кодирующих работу ЦНС, у них вообще меньше, чем у кого-либо из известных животных.
Все гребневики питаются мелкой живностью, но еслии большинство фильтрует воду или распускает клейкие щупальца, то берое - активный хищник. На тупом конце розового дирижабля находится рот. На фото он закрыт, а так открывается, после чего берое натягивается на несчастную жертву целиком.
Сегодня в журнале "Нож" вышла моя статья об инвазивных видах. Хотите узнать, как лягушки мешают туризму на Гавайях, а змеи съели целый тихооккеанский остров? Тогда вам сюда.
https://knife.media/invasive-species/
Запуск второй миссии Crew Dragon
https://youtu.be/bIZsnKGV8TE
Затевахин о Животных
https://youtu.be/OA0dEC4szCA1
На сайте Кавказской горной обсерватории выложили результаты наблюдения за Бетельгейзе с октября 2019 года до апреля 2020 года. Наблюдения были выполнены на 2,5-метровом телескопе. Разрешение составило 0,05 секунд дуги, что позволило снять поверхность звезды.
Всего было сделано 17 снимков в разные даты, но за счёт интерполяции между ними получилась плавная анимация.
Видна неоднородность атмосферы Бетельгейзе. Потускнение скорее всего связано с пылевыми облаками.
Подробнее на сайте обсерватории: lnfm1.sai.msu.ru/kgo/mfc_Betelgeuse_ru.php
Импортозаместительная морская свинка - северная пищуха (Ochotona hyperborea), Бурятия. Кстати, несмотря на характерный "мышиный" вид, пищухи - не грызуны, а зайцы в косплее.
Большинство видов обитает в горах, хотя некоторые выбирают степи. Живут они большими колониями, наткнувшись на которые, сразу понимаешь, за что зверюшка получила своё название. В воздухе стоит постоянный писк и резкие пересвисты, которыми микро-зайцы предупреждают друг друга об опасности.
У пищух есть и ещё одно, не менее точное "имя": сеноставки. Дело в том, что на зиму они не впадают в спячку, а грызть кору, как их старшие родичи, не любят. Так что осенью звери складывают траву в маленькие стожки, а когда засохнет - перетаскивают в норы. Периодически сеноставки подставляют соседей, воруя их запасы, так что в колонии постоянно разворачиваются драмы, делая её похожей на маленький пушистый базар.
Внимание, это не учебная тревога: DeepMind только что обьявили, что "решили проблему фолдинга белка"! Если я все правильно понимаю (а я конечно не биолог и не химик) достигнув средней оценки точности в 87 GDT, ребята из DeepMind теперь могут с очень высокой точностью моделировать фолдинг белка в компьютерной модели, избегая реальных химическиъ экспериментов.
Почему это большое дело - потому что это действительно проблема над которой бьются последние 50 лет. И последние 15 из них GDT score болтался между 30 и 45, так что это огромный рывок вперед. Конечно их заявление еще будут проверять и понятно что GDT не 100 и что это решение для статического фолдинга, динамический фолдинг - гораздо более сложная задача. Однако это уже не AlphaZero, который играет в игры, это решение реальных проблем человечества с помощью ИИ! Кажется всех кто занимается темой ИИ сегодня можно поздравить.
https://deepmind.com/blog/article/alphafold-a-solution-to-a-50-year-old-grand-challenge-in-biology
Что гасит вода, которую подают на стартовый стол перед запуском ракеты? Куски чего от этой ракеты буквально отваливаются во время полёта? Что за удивительные медузы появляются в небе после пусков, заставляя буквально сотни людей публиковать фотографии этих, как им кажется, НЛО?
Сейчас мы здесь, на Alpha Centauri, расскажем вам о самых интересных эффектах запусков космических ракет.
youtu.be/4R3LvYPlpaE
Hurricane Zeta Arrives on the Gulf Coast
https://earthobservatory.nasa.gov/images/147462/hurricane-zeta-arrives-on-the-gulf-coast
Molave Heads Toward Vietnam
https://earthobservatory.nasa.gov/images/147456/molave-heads-toward-vietnam
NASA Earth Observatory Image of the Day latest record:
Snowy and Icy Peaks with Very Different Origins
https://earthobservatory.nasa.gov/images/147424/snowy-and-icy-peaks-with-very-different-origins
https://www.iguides.ru/main/other/uchenye_nashli_priznaki_zhizni_na_venere
Читать полностью…
Новости нашего фьорда. Сегодня в залив волнами нанесло всяческого планктона. Самые заметные среди него - гребневики Beroe cucumis.
Вообще гребневики, они же ктенофоры - группа крайне специфичная, непонятно, кому родственная и не такая, как все. Вот, скажем, нервная система, которая у них представлена нервной сетью с кольцом вокруг рта. Так, у них нет генов и ферментов, нужных для производства серотонина, дофамина, норадреналина и прочих нейротрансмиттеров. Зато используют в качестве нейромедиатора L-глутамат и имеют к нему кучу разнообразных рецепторов. А генов, кодирующих работу ЦНС, у них вообще меньше, чем у кого-либо из известных животных.
Все гребневики питаются мелкой живностью, но еслии большинство фильтрует воду или распускает клейкие щупальца, то берое - активный хищник. На тупом конце розового дирижабля находится рот. На фото он закрыт, а так открывается, после чего берое натягивается на несчастную жертву целиком.
Мой авторский способ кормления богомола и демонстрация следящих зрачков
Читать полностью…
Зубчатая колибри Androdon aequatorialis. Зубы нужны чтобы драться с другими колибри и охотиться на насекомых 😋
Читать полностью…
Крутая и необычная статья об экситон-поляритонном бозе-конденсате в N+1: https://nplus1.ru/material/2020/05/18/polaritons
Крутая, потому что написана понятно, а необычная, потому что это, фактически, прямая речь автора открытия этого самого конденсата, Алексея Кавокина, снабженная к тому же его личными иллюстрациями, объясняющими написанное с котиками и иногда машинками.
Ахатина фулика измазалась в крупе и пытается слизнуть с себя крошки
Читать полностью…