🔤 🔤🔤🔤🔤🔤 🔤🔤🔤

Волнение при виде терминала, первое подключение к серверу через командную строку, настройка окружения и полное погружение в NGS. Вот так с утра стартовал курс Бластим!

Сегодня мы одолели:

• Введение в Linux и bash
• Методы высокопроизводительного секвенирования
• Тримминг ридов
• Контроль качества

🩹 Сложно, но с поддержкой учебных ассистентов (онлайн и офлайн) и невероятной подачей Евгения Герасимова — страх пропадает

❤️‍🔥 — подбодрить участников, у ребят действительно испытание!

P.S. А завтра мы будем картировать

Читать полностью…

События, определившие образ статистики. То, без чего ее невозможно представить, еще труднее — понять

☕️ Начало XX века. Британский файф-о-клок представлял собой не просто чаепитие, а настоящий светский ивент. Однажды компания молодых людей наслаждалась послеобеденным чаем. Джентльмен с вандейковской бородкой налил чашечку и, как положено, сначала предложил откушать даме. Та вежливо отказалась, мол «it's not my cup of tea», уточнив, что она предпочитает сперва наливать молоко, а потом чай. Удивленный джентльмен возразил с улыбкой: «Чепуха, разницы никакой». Но дама настаивала, что чувствует порядок добавления ингредиентов по вкусу. Тогда еще один мужской голос произнес: «Давайте ее проверим!» Мужчины приготовили 8 чашек заварки с молоком: 4 одним способом, 4 другим. И поставили в случайном порядке. Задача — корректно выбрать 4 чашки «сначала-молоко». Леди приступила к дегустации...

Примерно так начинается II глава знаменитой книги «The Design of Experiments» Рональда Фишера, изданной в 1935 г. Далее по ходу повествования отец статистики (а еще немножечко расист и евгеник) объяснил математику «психофизического» эксперимента. Он выдвинул нулевую гипотезу: леди не различает порядок наливания. Фишер установил, что при условии верности H₀ распределение числа правильных ответов (из 4 возможных) — гипергеометрическое. А вероятность случайного угадывания всех 4 из 4 чашек равняется всего-то 1/70 ≈ 0.0143. Это и есть p-value, и оно < 0.05. Другими словами, отклонить H₀ можно в одном случае — если бы дама ни разу не ошиблась. Даже 3 из 4 недостаточно для отвержения нулевой гипотезы.

Вот так легкомысленный опыт побудил Фишера ввести важные инновации в статистике и методологии экспериментов: рандомизацию, уровень значимости и концепцию H₀. А описанная выше процедура проверки гипотез получила имя точный тест Фишера. Он и поныне используется для таблиц сопряженности, скажем, в анализе обогащения генов.

🎭 Любопытно, Фишер в своем трактате не привел ни конкретных результатов дегустации, ни имен участников. Наиболее убедительную версию событий рассказала в 1978 г. дочь статистика Джоан Фишер Бокс в биографии отца. Чаевничал гениальный ученый с коллегами на Ротамстедской сельхозстанции к северу от Лондона в начале 1920-х. Что весьма правдоподобно. Поскольку в 1919 г. Рональд переехал с женой и 3 детьми на агростанцию, где стал главным статистиком. В то же время там трудилась женщина, идентифицируемая как Мюриэль Бристоль. Она была альгологом, а на станции исследовала почвенные водоросли. В ее честь назван вид Chlamydomonas muriella. Вторым джентльменом был влюбленный в Мюриэль биохимик Уильям Роуч — в Ротамстеде он занимался инсектицидами. Именно Уильям осмелился предложить провести тест. Вероятно, после тех чайных посиделок он так впечатлился Мюриэль, что почти сразу женился на ней. Кстати, госпожа Бристоль не смогла распознать все чашки верно 🥲

📖 По другой версии, выдвинутой Дэвидом Салсбергом в научпоп книге, которая так и называется «The Lady Tasting Tea», чаепитие состоялось летом в Кембридже в конце 20-х. Поведал ее Салсбергу профессор Хью Смит, якобы очевидец событий. Однако к тому времени Фишер — давно выпускник, и неясно, что он забыл в своей альма матер. Зато согласно Салсбергу, леди угадывает всё!

🍒 Ну и вишенка на торте — статистик Морис Кендалл утверждал, что сам Фишер ему признавался: чайная церемония вообще не имела места, весь эксперимент — мысленный. Как бы то ни было, «леди, пробующая чай» — поворотный момент в статистике, да и жизни. Бостонское и безумное чаепития нервно курят в сторонке.

#выходные_у_бластим

Читать полностью…

🧐 Уууух, на этом вебинаре в воздухе висит настоящая интрига

Какой результат после обработки данных получат Дарья Бородко и Елена Рыбина ❓

Ответ будет на трансляции:
https://clck.ru/3P3xZJ 👉

А вы страдаете от регулярок🙂

Читать полностью…

🔋 Впервые феномен эмоционального выгорания описал Герберт Фрейденбергер в статье, опубликованной в 1974 году. Выгорание оказалось особенно характерно людям, занятым в социальных профессиях.

К 2025 году научного и общественного материала по этой теме накопилось огромное количество — на одном PubMed их около 34 000!

Но как обстоят дела с ментальным здоровьем у самих ученых?

🛫 Blastim получил данные свежего опроса о выгорании среди 352 научных сотрудников от админа канала 🔥«АДовый рисёрч» — Анастасии Дмитриевны

Как преподаватели Blastim с применением R разберут этот датасет, а также данные о нейтрализации вируса SARS-CoV, какие выводы сделают — всё это будет в прямом эфире 5 сентября в 19:00 (МСК).

Спикеры:
📌 Дарья Бородко, биоинформатик, сотрудник НИИ общей патологии, специалист в эпигенетике и анализе древней ДНК
📌 Елена Рыбина, научный сотрудник лаборатории когнитивной психологии НИУ ВШЭ, эксперт в области методологии исследований, статистике в R

Формат: прямой эфир с интерактивом и ответами на вопросы
Продолжительность: 2–2,5 ч
Регистрируйтесь в боте, если еще не: clck.ru/3P2fNo

🔗 Ссылка придет в этот бот за час до старта

Встреча проходит в рамках лектория «Академия Статистики»

Читать полностью…

Всех на продленку 🔔

Поздравляем, вы зачислены в Академию статистики! Готовьтесь разгрызть краеугольный камень всех наук. Целый месяц на канале мы будем делиться полезными материалами, чтобы вместе подтянуть знания и наконец разобраться со всеми p-value.

А каждую пятницу в 19:00 мск ждем вас на открытых вебинарах с любимыми преподавателями курса «Статистика, R и анализ данных»:

🗓 5 сентября — разбор ваших датасетов в прямом эфире с Дарьей Бородко
🗓 12 сентября — мифбастер: «Нужно ли проверять данные на нормальность?»
🗓 26 сентября — встреча с тем самым Иваном Поздняковым

Зарегистрироваться здесь:
https://clck.ru/3NyaXZ 👉

Когда, если не в сентябре, загореться статистикой 🔥

Читать полностью…

Сегодня в ленте Вита — сияющая первоклассница с букетом и огромным волнением в глазах 🔔

У каждого из нас был свой школьный путь. Кто-то с радостью вернулся бы в те деньки. А кто-то школу не любил и считал секунды до каникул. Но всё равно в памяти наверняка сохранилось что-то приятное: запах новых тетрадей и учебников, новые друзья, долгожданный пенал с яркими гелевыми ручками… или та самая сосиска в тесте из столовой.

В первый осенний день предлагаем собрать гербарий теплоты и похвалить себя за пройденный путь:

🍁 Делитесь своими школьными фотографиями в комментариях — можно «до и после»
🍂 Расскажите, как у вас проходит 1 сентября сейчас — фото из отпуска тоже подойдет
🌿 Напишите, что бы вы сказали себе-первокласснику — даже простое «всё будет хорошо»

А раз учиться никогда не поздно, давайте смотреть на 1 сентября не только как на воспоминание, но и как на точку старта. Возможно, именно сегодня у кого-то начинается новая глава в жизни, независимо от возраста. Желаем каждому найти смелость сделать шаг вперед, ведь все невероятные путешествия начинаются с волнения ✨

Слова напутствия себе от Виты уже в комментариях под этим постом ⤵️

Читать полностью…

«Когда загуглили, мы обнаружили, что есть только 2 исхода — трансплантация печени или смерть»

3 августа 2024. Клиника университета Пенсильвании. Педиатры замечают у появившегося на свет два дня назад малыша по имени Кайл Патрик Малдун-мл. крайне тревожные симптомы. Биохимические тесты показывают 30-кратное превышение уровня аммония в крови. Врачи срочно отправляют новорожденного в соседнюю Детскую больницу Филадельфии (CHOP), где трудятся ведущие эксперты по метаболическим болезням. Те сразу же переводят малыша на диализ и берут кучу анализов. В том числе делают секвенирование генома (мы уже писали, как это быстро). Спустя 48 часов медики констатируют: у новорожденного крайне редкое (1:1,3 млн) и тяжелое генетическое заболевание — дефицит карбамоилфосфатсинтазы CPS1.

💀 Этот фермент работает в цикле мочевины, а в случае поломки гена нарушается детоксикация аммония. Что особенно опасно для нервной системы и грозит фатальными последствиями. Половина младенцев не проживает и недели после родов. Единственное спасение — пересадка печени. Однако она рекомендована детям старше и в более стабильном состоянии, чем у Кайла. Мальчика, тем не менее, заносят в лист ожидания, а пока назначают поддерживающую терапию: диету с дефицитом белка и глицерол фенилбутират для выведения аммиака. Родители в шоке. Но ученые хотят предложить им экспериментальное лечение. Ведь промедление смерти подобно ⌛️

📩 Вечером 8 августа доктор Киран Мусунуру получает имейл от своей коллеги Ребекки Аренс-Никлас из CHOP. Они вместе приступают к действию. К счастью, за несколько лет до рождения Кайла Ребекка и Киран начали заниматься внедрением генной терапии наследственных болезней обмена веществ. И это тот случай, к которому они готовились. Клиницисты рассказывают клинический путь Кайла Федору Урнову — выходцу из России, мэтру геномного редактирования. Тот подключает коллег из Института инновационной геномики (основан нобелиатом Д. Дудной) и других университетов и компаний. За рекордные 6 месяцев междисциплинарная команда создает персонализированный CRISPR-препарат.

🧬 Группа секвенирует ДНК папы и мамы Кайла. Обнаруживается, что оба родителя — носители мутантных аллелей гена CPS1, приводящих к укороченной форме белка. Но разных. Чинить оказалось удобнее отцовский вариант — Q335X. Это точечная мутация. Поэтому генные инженеры решают конструировать adenine base editor (ABE). В отличие от стандартного CRISPR-Cas редакторы оснований не продуцируют опасных двуцепочечных разрывов. Вместо этого аденозиндезаминаза превращает целевой аденин в инозин (воспринимается как G), а Cas9-никаза вносит ник. Далее в дело вступает система репарации — в итоге пара A-T меняется на G-С. Ученые проводят тщательную проверку безопасности на культурах клеток и животных моделях и получают зеленый свет от FDA на N-of-1 исследование.

💉 Утром 25 февраля 2025 Кайл становится первым пациентом, получившим индивидуальную CRISPR-терапию in vivo. Мальчику внутривенно ввели липидные наночастицы с РНК-гидом и РНК, кодирующей ABE. С кровотоком наночастицы попали в печень — орган-мишень, где и производился дефектный энзим CPS1. После первой минимальной дозы показатели ребенка улучшились, но, очевидно, не все гепатоциты были затронуты. Спустя 22 дня — вторая доза, в апреле — третья. Терапия оказалась успешной: малыш начал переносить повышенное содержание белка в пище и благополучно выздоровел от нескольких респираторных инфекций.

🎉 В мае 2025 вышла статья в NEJM, и о невероятной истории узнали СМИ. А 3 июня, после 300 дней в больницах, Кайла выписали домой!

Не будем делать пафосных выводов, что биоинформатики и молекулярщики опять спасли жизнь. Лишь напомним, что CRISPR-Cas — мощный метод, не лишенный недостатков, но точно достойный внимания. Узнать актуальное про геномные ножницы можно в нашем чате, где мы приготовили для вас 4 дня квестов. Проверьте свою криспр-осведомленность ✂️

#бластим_технологии

Читать полностью…

Из csv в Nature. Версия 2.0 😲

Залежался классный датасет на компе, но вы не знаете, как его обработать? Бластим снова запускает конкурс — присылайте экспериментальные данные и расскажите, что останавливает вас от их анализа. Победители получат разбор своего кейса с Дарьей Бородко или грант на обучение в Бластим!

Сохранность информации гарантируется

Как принять участие?
1️⃣Перейти на сайт и заполнить форму: clck.ru/3Nt9as
2️⃣ Кратко описать датасет и мотивацию
3️⃣Прикрепить файл с данными (предпочтительно в csv или xls)
4️⃣Нажать «Отправить»

Там же можно посмотреть, как мы разбирались с вашими табличками в прошлый раз

❗️ Дедлайн сбора заявок: 31 августа 23:59 мск

Поиски смысла в забытых файлах пройдут на открытом вебинаре «Разбор научных данных: какие статистические ошибки мешают публикациям?»

Регистрацию на вебинар откроем позже — следите за новостями 🔜

Читать полностью…

🤖 Я видел такое, чего вам, кремниевым, и не высчитать...

Современные нейросети вдохновлены устройством мозга, но всё же работают иначе. Да, они тоже учатся, ошибаются, запоминают. Но за «интеллектуальностью» скрывается всё тот же бинарный код для последовательной обработки данных.

💬 А стоит ли усложнять?
Сегодняшние ИИ работают на кремниевых чипах, которым трудно справляться с задачами на тысячи параллельных операций. Даже графические процессоры (GPU), ставшие основной платформой для нейросетей, далеки от пластичности живых систем. А биологические нейросети потенциально могли бы:

• обрабатывать информацию параллельно при минимальном потреблении энергии
• адаптироваться к новым условиям
• восстанавливаться после повреждений

Такие свойства делают биочипы привлекательной основой для будущих поколений ИИ. Особенно если речь идет об интеграции с живыми тканями. Звучит как sci-fi, но в 2024 году швейцарская компания FinalSpark уже представила прототип первого биопроцессора. Ещё раньше, в 2022 году, австралийский стартап Cortical Labs научил нейронную культуру играть в Понг. Весной 2025-го он же анонсировал создание первого в мире биологического компьютера CL1. Заявление вызвало волну скепсиса — отчасти из-за преувеличений в медиа для инвестиционной привлекательности. Да и речь пока идет не о компьютерах в привычном смысле. Это скорее «органы», способные чувствовать стимулы и изменяться в процессе обучения. Но наличие самого вектора развития технологий очевидно. Вот и интерфейсы «мозг — компьютер» для интерпретации сигналов, о которых мы писали, уже не кажутся чем-то фантастическим.

💬 А можно создать биокомпьютеры на уровне молекул?

Интерес к молекулярным вычислениям возник ещё во второй половине XX века и стал предвестником синтетической биологии. Если традиционные компьютеры оперируют бинарным кодом, то биологические — генетическим. Изменяя ДНК, ученые могут буквально программировать клетки для выполнения конкретных задач. В 1994 году Леонард Адлеман впервые продемонстрировал потенциал ДНК-компьютеров, использовав молекулы для решения комбинаторной задачи. А в 2019 году биосистема на основе ДНК уже извлекала корень из 900. Правда, масштабирование таких решений остается крайне сложной задачей. А еще ДНК — не единственный кандидат: в 2016 году были показаны возможности параллельных вычислений на белках.

Метафора «машины» помогает нам лучше изучать и понимать живые системы, даже проектировать их. Но если сводить биологию к булевым функциям, мы рискуем недооценить ее масштаб. Так что, кто знает — возможно, самый мощный компьютер не соберут, а вырастят.

#бластим_технологии

Читать полностью…

Ваши данные не должны ждать в чужой очереди 🙅‍♂️

Результаты экспериментов уже лежат на диске, а у лабного биоинформатика свой «список приоритетов»? Когда дойдет дело до ваших ридов, никто не знает. Такими темпами конкурирующая группа вас точно заскупит... Или вы пишете грант и понимаете, что анализ NGS-данных сделал бы его сильнее? Только вот реализовать это некому...

Если вы устали зависеть от чужой помощи, наш курс «Анализ NGS-данных» станет палочкой-выручалочкой. На нем вы разберетесь во всех ключевых направлениях работы с NGS и сразу примените знания на своих задачах.

С чем разберемся ❓
• QC и картированием ридов
• Анализом данных WGS и WES
• Сборкой геномов и филогенетикой
• RNA-seq и single-cell
• Метагеномикой

Почему именно курс от Бластим ❗️
• Преподаватели — практикующие биоинформатики из топ-вузов
• Почти 400 выпускников за 3 года
• Диплом гособразца
• Формат обучения очно в Москве или онлайн
• Поддержка кураторов и комьюнити выпускников навсегда

🔗 Все детали и программа: clck.ru/3NpLg8

🚨 Во вторник цена курса поднимется. А если вы уже прошли наш мини-курс по Linux, мы предоставим дополнительную скидку равную его стоимости!

По всем вопросам пишите Наташе — @kova_24

Пора взять свой проект под свои пальцы

Читать полностью…

👩‍💻Первый день походит к концу, но впереди еще практика на сервере

А пока небольшое саммари:
— разобрались с основными командами и фишечками по типу *
— директориями, файлами и видами ссылок
— подключение по ssh к серверу
— научились грепать последовательности нуклеотидов 🧬

Большой плюс мини-курса в том, что на любой вопрос можно сразу получить ответ и разобраться без провальных попыток найти информацию в сети 🥲

Все же для Linux существует порог входа, поэтому самостоятельно изучать достаточно трудно, особенно, если ты врач или биолог

🐳 — если пока сидишь без Linux

Записи занятий будут доступны целый год — и еще не поздно попасть на завтрашнее мощное занятие — https://clck.ru/3NohK2

Читать полностью…

🤓 Что сильнее всего запоминается студентам после наших курсов? Их ошибки! Точнее то самое удовольствие, когда баг наконец-то пофиксили. Главное, чтобы вместе с ошибками в памяти оставались и решения...

А что ещё особенно нравится выпускникам курса «Анализ NGS-данных»?

Мощная программа 💎
Пять крутых преподавателей не только объясняют всю базу, но и делятся самыми актуальными подходами в своих областях. В результате вы разбираетесь с рабочими задачами «здесь и сейчас» + расширяете горизонты ресерча.

Записи занятий остаются с вами 📼
Можно сделать шаг назад, пересмотреть материалы и разобраться в любой теме, ничего не упустив. А ещё освежить знания уже после курса.

Новички не тонут 🆘
Даже если программа сначала кажется «ого, как много», рядом всегда преподаватели, ассистенты и кураторы. Подстрахуют, вытянут и помогут разобраться.

И для тех, кто уже в теме 🧐
Всё раскладывается по полочкам, серые зоны исчезают, понимание становится цельным, появляются новые интересы.

Сообщество — это сила ✉️
Чат, научные мемасики, ночные дискуссии, быстрые ответы и поддержка единомышленников. Учеба веселее, а мотивация только растет.

Формат подстраивается под вас 🌎
Онлайн, офлайн или гибрид — всё четко и работает в любых обстоятельствах. Проверено временем и студентами.

Только начинаете погружение в анализ NGS? Необязательно сразу нырять в полный курс — начните с легкого старта. Уже завтра запускается доступный и полезный двухдневный «Экспресс Linux для NGS». Познакомьтесь с Бластим и своей новой рабочей средой лично: clck.ru/3NnUwF

Читать полностью…

Artgen Seed Fund предлагает стартапам Biotech и MedTech шанс на развитие

В России действительно не так много фондов, которые понимают биотех и медтех «изнутри». Artgen Seed Fund — это посевной венчурный фонд, созданный Artgen Biotech специально для поддержки стартапов в сфере здравоохранения. Фонд готов инвестировать до 150 млн рублей за первые 3 года, а дальше планирует масштабироваться за счёт привлечения сторонних инвесторов.

Кого ищем?

Стартапы на стадиях pre‑seed (идея, прототип) или seed (MVP, доклинические данные)
В сферах: AI, Longevity, генетическая терапия, нейронаука, системы поддержки врачей, цифровое здравоохранение, персонализированная диагностика, онкология

Что предлагается:

Конвертируемый необеспеченный заем. Экспертное сопровождение и менторство, доступ к клиникам и инфраструктуре, помощь в масштабировании. Возможность получить акселерационную поддержку через экосистему Artgen Biotech. Сигнал для других инвесторов — «штамп качества» от Artgen.

Мы в Artgen Seed Fund продолжаем изучать проекты на стыке биотеха, медицины, медтеха и ИИ. Если ваш проект решает реальные задачи, имеет научную основу и потенциал масштабирования — будем рады познакомиться.

Подать заявку можно через форму на сайте: https://artgenseedfund.ru – туда же можно отправить питч-дек на seedfund@artgen.ru


#Артген #Biotech #MedTech #SeedFund #Стартапы #Здравоохранение #AI #Онкология #Longevity

Читать полностью…

Уверенный пользователь Word? Исправим на посерьезнее 🚨

«Терминал», «командная строка», «SSH» — и всё, паника... Освоение современных инструментов для анализа данных откладывается на «потом»? Даже если вы взрослый и осознанный: вроде нужно, но слишком много деталей, легко запутаться, да и пока «не очень в ресурсе». Приближать «потом», конечно, никто не собирался 🤫

А может, обойдусь?
Да, обойтись можно. Но вы лишаете себя универсального навыка, который очень скоро станет таким же базовым, как когда-то «уверенный пользователь ПК». Согласитесь, такая строчка в CV сегодня выглядит умилительно 🙂

Лайфхак: учиться в группе под руководством опытного преподавателя проще и веселее:
— шаг за шагом, от простого к сложному, только самое необходимое, без перегруза
— у вас выделено время в календаре → меньше шансов слинять
— мотивация усиливается за счет поддержки единомышленников

🔝 Поэтому так популярен интенсив «Экспресс Linux для NGS» от Бластим

За два дня вы:
— перестанете бояться терминала
— освоите базовые команды и работу с сервером
— напишете первые скрипты на Bash

А если после мини-курса захочется изучить NGS глубже, можно перейти на полный курс «Анализ NGS-данных». Цену интенсива зачтем в оплату 🛍

◎ Для всех новичков в программировании
◎ 2 дня онлайн
◎ Discord + записи на RuTube для повторения

Подробнее о программе здесь: clck.ru/3Ni9Mp

Читать полностью…

🧬 Казнить нельзя помиловать — где поставить запятую решает p-value

13 ноября 2022 года четверо студентов Университета Айдахо были жестоко убиты в съемном доме недалеко от кампуса. Единственная улика — ножны со следами ДНК, забытые на месте преступления. Лишь месяц назад обвиняемый — 30-летний аспирант криминологии Брайан Кобергер — признал свою вину. Рассказываем, почему это дело может войти в историю как прецедент в использовании судебной генеалогии.

📌 ДНК преступника не было в базах ФБР
Когда традиционные криминалистические методы и базы данных не дают мэтч, следователи обращаются к судебной генеалогии (Investigative Genetic Genealogy).

ДНК с места преступления — в данном деле touch DNA с ножен — загружают на открытые генеалогические платформы, такие как GEDmatch или FamilyTreeDNA. Алгоритмы ищут совпадения с ДНК-данными пользователей. Если таковые найдены, формируется «генетический круг» — список возможных дальних родственников. Затем подключается классическая полицейская работа: наблюдение, сбор улик, проверка алиби.

Данных убийцы в коммерческих базах тоже не было, но была ДНК его родственников. Подозрение переросло в проверку: агенты изъяли ватную палочку из мусора у дома потенциального отца преступника, провели анализ и установили связь. Только после этого арестовали Брайана Кобергера, проверили его ДНК и подтвердили совпадения с образцами с места преступления. Поскольку ДНК была фрагментарной, речь шла лишь о вероятности, а не о прямом подтверждении вины.

📌 Защита оспаривала законность сбора доказательств
Полиция не получала ордера ни на анализ ДНК, ни на ее загрузку в базы, ни на слежку за родственниками. Но суд постановил: если ДНК оказалась на кухне убитых — вопрос конфиденциальности не стоит. Защита также заявляла, что анализ был неоднозначным и не может с уверенностью указывать на одного подозреваемого. Все это, по их мнению, говорит о предвзятости следствия.

Могла ли ошибка привести к обвинению невиновного?
Факты указывали на однобокость расследования. Следователи признали, что основная работа велась вокруг одной улики — ножен. Между тем, под ногтями жертвы, Мэдисон Моген, была обнаружена смесь ДНК трех человек. Кроме того, в доме нашли кровь «неизвестного мужчины B» на перилах и кровь «неизвестного мужчины D» на перчатках у входа. После совпадения с ДНК Кобергера эти профили больше не проверялись.

❗️Несмотря на многочисленные ходатайства, спустя два с половиной года Брайан Кобергер признал себя виновным по всем пунктам в рамках сделки со следствием. В обмен на это суд отменил смертную казнь и назначил пожизненное заключение без права на апелляцию. Но мотив остается неизвестным. Почему именно эти студенты? Почему он пощадил двух других, спавших в доме? Согласно условиям сделки, Кобергер не обязан давать объяснений.

IGG — мощный инструмент. Он способен спасать жизни и помогать правосудию. Но современные методы расширяют зону ответственности за ДНК — теперь не только за свою, но и за ДНК дяди, сестры или троюродного брата, которых ты даже можешь не знать. Общественная дискуссия о том, где проходят границы между безопасностью и приватностью, только начинается. Отдельный вопрос — какой p-value допустим при вынесении смертной казни, если улики основаны на фрагментах ДНК?

👍 Кстати, на нашем курсе «Анализ NGS-данных» вы будете работать со своими данными и увидите, как методы биоинформатики позволяют извлекать из ДНК неожиданные истории.

#выходные_у_бластим

Читать полностью…

🧬 Искусство NGS

16 сентября в 14:00 мск присоединяйтесь к эксклюзивному вебинару на платформе Blastim — «Технологии NGS 3-го поколения. Нанопоровое секвенирование: обзор и перспективы» 🤩

Спикеры:

👨‍⚕️ Александр Лавров, к.м.н., директор Ташкентского МГНЦ, ведущий научный сотрудник лаборатории редактирования генома (ФГБНУ «МГНЦ») — расскажет, куда ведут длинные риды

👨‍⚕️ Дмитрий Полев, к.б.н., с.н.с., руководитель группы метагеномных исследований НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера (Санкт-Петербург) — поделится опытом использования нанопорового секвенатора в микробиологической практике НИИ им. Пастера

Почему это ценно:

• Уникальный формат с участием ведущих экспертов и технологических поставщиков;
• Реальные кейсы и практические insights по применению нанопор в научных исследованиях;

🔗 Ссылка на регистрацию: clck.ru/3P5waz

Участие полностью бесплатно! Не упустите шанс узнать о новейших трендах в NGS, задать спикерам свои вопросы и получить доступ к технологически продвинутому контенту.

#бластим_рекомендует #бластим_технологии

Читать полностью…

⌛️ Обновление курса прошло успешно. Ошибок не выявлено

Бластим внимательно следит за вашими отзывами и постоянно улучшает формат курсов. Именно поэтому новый поток «Статистика, R и анализ данных» выходит в обновленной и ещё более удобной версии.

📌 Теперь занятия проходят онлайн по вечерам — вторник и четверг, 19:00–22:00 (МСК)
📌 От основ работы в R до интерактивных отчетов и веб-приложений за 2 месяца
📌 Мы вместе погрузимся в ваши экспериментальные данные, чтобы к концу курса получить публикабельные результаты

🔗 Подробности здесь: clck.ru/3P2R9r

Не волнуйтесь — всё «старое-доброе» остается:
· любимые преподаватели
· поддержка и записи лекций на целый год
· стабильное качество видео и звука
· возможность забронировать место частичной оплатой
· рассрочка на 12 месяцев без переплаты

Кому подойдет:
· студентам и аспирантам — чтобы усилить диплом или диссертацию
· исследователям — и с приставкой «био», и без неё
· медикам, которые хотят перестать бояться статистических разделов статей

💬 Для личной консультации обращайтесь к Варваре: @varvara_blastim

🔥 Цена раннего бронирования до 7 сентября:
63 000 ₽ 49 500 ₽

Самое время запланировать новую публикацию для годового отчета

Читать полностью…

🫖 Обожаемый телезрителями легендаRный дуэт — Дарья Бородко и Елена Рыбина — возвращается в эфир!

Сегодня эксперты Бластим устроят свежую прожарку научных датасетов с помощью R. На повестке дня: горящие таблички про выгорание и коронавирус 🔥

Регистрируйтесь в нашем боте и подключайтесь в 19:00 мск. Будет полезный пятничный вечер! Ведь это такое удовольствие — учиться на чужих ошибках

Осталось подождать всего ничего: мы надеемся, у вас есть, чем себя занять до начала встречи

https://clck.ru/3P3xZJ 👉

Читать полностью…

Но почему, но почему, расстаться всё же нам пришлось?

В Шуфутинов день мы решили вспомнить одну печальную историю. Как коварный Excel «перевернул календарь» генетикам и биоинформатикам, преобразуя аббревиатуры генов в даты. Например, ген белка септина SEPT3 (это GTP-аза, экспрессируется в ЦНС) снова и снова превращался в пресловутое 3 сентября. И только спустя два десятка лет автозамен и ошибок компания Microsoft снизошла и исправила баг. Но осадочек остался.

🍁 Полный текст лежит по ссылке. И, возможно, после прочтения вам тоже захочется попрощаться с Excel и перейти на R или Python

Читать полностью…

p-value вступил(а) в группу

Читать полностью…

⚡️ Большие перемены

Российским школьникам не только сокращают уроки иностранного, отменяют домашки и вводят курс духовно-нравственные ценностей. Еще с 1 сентября будет вывешено совершенно новое расписание предметов, и оно уже есть в распоряжении редакции Бластим 📚 Делимся эксклюзивом:

☢️ Анализ NGS-данных, с 8 сентября
ОБЖ в биоинформатике. Не знать, как анализировать данные секвенирования — уже опасно. На курсе учимся выживать в случае любых ЧП, таких как сборка и аннотация генома, мета- и эпигеномика, RNA-seq или single-cell. Вы будете осведомлены, как справляться с паникой при виде «черного терминала» и где укрываться, если положили сервер
🔗 clck.ru/3NwAzL

🎨 Статистика, R и анализ данных, с 7 октября
Литература + ИЗО в одном флаконе. Читаем классиков — Гаусса и Пуассона, Краскела и Уоллиса, Манна и Уитни, Фишера и Пирсона, Колмогорова и Бонферрони. Ведет курс книгочей Иван Поздняков. Научим рисовать пайчарты, куку-, бар- и лолипоп-плоты 🍭А еще всем ученикам выдадим шпоры по R
🔗 clck.ru/3NwAzs

🏀 Python для анализа данных в науке, с 27 октября
Физ-ру никто не отменял! Быстрее код, глубже рекурсия, сильнее программы. Перепрыгиваем через исключения, крутим циклы, гоняем файлы из формата в формат. Доводим программистские навыки до автоматизации. Тренирует физрук Фомин Ильин
🔗 clck.ru/3NwB2K

🌍 ИИ — и ты не один, со 2 декабря
География. Откроем материки ИИ-возможностей: саммаризация текстов, генерация картинок, написание статей, вайб-кодинг, агенты. ИИ становится вашим другом-зубрилкиным: списывать у него не стыдно, а иногда даже полезно. И глобус он не пропьет
🔗 clck.ru/3NwB2v

🚗 Машинное обучение на Python, с 17 февраля 2026
Наконец-то в школьную программу добавились уроки вождения. Садимся за руль ML-алгоритмов, копаемся под капотом нейросетей, обучаем машины, можно даже беспилотные. С учителем и без
🔗 clck.ru/3NwB4Z

🔨 Ваш репетитор по n8n, доступен всегда 24/7
Настоящие уроки труда, только вместо скворечников и табуреток вы будете мастерить ИИ-агентов. И себе польза, а еще можно клепать ботов на заказ и продавать. Трудовик: Дмитрий Безжовчий
🔗 clck.ru/3NwB67

А 5 сентября приглашаем вас на классный час с «очень хорошей училкой» Дарьей Бородко. Мы разберем ваши данные и дадим советы. Отправляйте свои таблички сегодня до 23:59 мск 📢 clck.ru/3NwBAa

Бластим — только реальные навыки, которые пригодятся во взрослой жизни

#бластим_дайджест

Читать полностью…

🎸MedChem команда запустила канал, посвящённый процессам разработки малых лекарственных молекул. Контент полностью бесплатный и ориентирован на глубокое понимание современных подходов в фармацевтической химии.😄

Если вам интересны механизмы выбора биологических мишеней, анализ патентного ландшафта и методы компьютерного моделирования в drug discovery — рекомендуем ознакомиться:

📹 robindrug?si=RrRBAhp7LLenD06y">RobinDrug

💬 RobinDrug

Что представлено на канале:

🔎 Детальный разбор перспективных биологических мишеней, на которые нацелилась БигФарма, но для которых молекул на рынке еще нет.

👀 Анализ патентных «слепых зон» и возможности их использования в дизайне новых соединений.

💻 Собственные компьютерные модели и предложения по синтезу новых химических структур с потенциальной биологической активностью.

📈 Обзор актуальных трендов в фармацевтической индустрии, включая применение искусственного интеллекта и радиофармакологию.

👥 Интервью с экспертами и лидерами отрасли, раскрывающие реальные вызовы и перспективы разработки лекарств.

Если вы хотите получить идеи новых потенциально активных молекул, результаты компьютерных экспериментов, спланированный синтез и многое другое — этот канал будет полезен.

P.S. Ребята отдают это бесплатно. Можете синтезировать молекулы, тестировать и патентовать :)🤟🏻😎

#бластим_рекомендует

Читать полностью…

💉 Структурная биология и дизайн лекарств: от базовых принципов до современных ML-решений

📅 Дата и время: 29 августа 19:00 мск — открытый вебинар с Сергеем Евтеевым

В последние годы машинное обучение всё активнее входит в самые разные области науки. Без сомнений, одни из наиболее перспективных направлений — структурная биология и дизайн лекарств.

Что вас ждёт на вебинаре:

💊 базовые принципы структурной биологии и молекулярного дизайна;
💊 современные методы моделирования белков и поиска сайтов связывания;
💊 молекулярный докинг и подходы к дизайну новых молекул;
💊 примеры ML-решений, которые уже работают в биомедицинских исследованиях;
💊 возможности и ограничения существующих подходов;
💊 перспективы развития технологий в ближайшие годы.

Доклад будет на русском языке, слайды — преимущественно на английском

Регистрация: тык 👈
Зарегистрированные участники получат запись вебинара и скрипт доклада — можно будет пересмотреть и проработать материал в удобное время.

💬 Ссылка на подключение появится в нашем чате.
Там же можно заранее оставить вопросы спикеру и после обсудить основные идеи вебинара.

Приходите! Будет очень... структурно ✨

Читать полностью…

⚡️ WANTED: специалист ИФА в Сколково

Unigent ищет внимательного и аккуратного лаборанта для проведения иммуноферментных анализов.

Обязанности:
• Проведение ИФА по утвержденным протоколам
• Приготовление растворов и рабочих смесей
• Документирование и первичная обработка результатов в Excel
• Контроль наличия расходников и реагентов, базовое обслуживание оборудования
• Поддержание порядка в рабочей зоне
• Поиск и анализ научной литературы

Требования:
• Опыт работы с ИФА от 1 года
• Навыки приготовления растворов и работы с лабораторным оборудованием
• Знание основ иммунологии и биохимии
• Уверенное владение Excel
• Аккуратность, внимательность и умение работать в команде

📌 Работа в Сколково
📌 Частичная или полная занятость
📌 Оформление по договору
📌 Зарплата обсуждается индивидуально, ориентир 60 000 – 90 000 ₽

Откликнуться: https://blastim.ru/job/6327/

#бластим_вакансии

Читать полностью…

👩‍💻 Репортаж второго дня с мини-курса по Linux

⚠️ Attention ⚠️

Много практики! 

Что мы сделали до 12:

— подключились по SSH к серверу
— разобрали новые команды: scp, gzip, в общем то, что нужно, чтобы работать с файлами (архивация, разархивация, скачивание)
— знаем, что нужно делать, чтобы сессия не закрывалась
— поигрались с alias

🐳 — если используете их в работе
комментарий — расскажи как именно)

🐧 Сегодняшний день определенно сложнее

Однако преподаватель Андрей Томаровский приводит примеры из биоинформатики, отвечает на все вопросы — и в целом выходные проходят хоть и учебно, но здорово и необычно (особенно если ты раньше никогда такого не делал)

Если вдруг решите присоединиться, то еще не поздно: записи и поддержка преподавателя будет: https://clck.ru/3NpNi5 👩‍💻

Читать полностью…

👩‍💻 Репортаж первого дня с мини-курса по Linux

⚠️ Attention ⚠️

Курс рассчитан на пользователей без опыта

В первый час участники узнали:
— историю первых компьютеров и создание Linux
— что же такое терминал Linux и как с ним работать
— как подключаться удаленно к серверам в том числе используя Windows

Что ж, оставайтесь в нами — репортаж продолжается

Читать полностью…

Мы долго готовились, и вот — пробил час!

⚔️ 24 августа открываются врата квеста по CRISPR/Cas!

Чтобы овладеть магией редактирования генома, вам предстоит пройти Испытания Академии Магии

🗺 Первая локация — Лабиринт

Именно там вас ждут первые испытания:

🧩 задачи разного уровня сложности
💬 общение с другими искателями знаний в чатике
⌛️ прохождение в удобное время

🏆 Победители будут определены по количеству баллов за правильные ответы

Начало квеста: 24 августа, 10:00 по мск в нашем чатике

Когда встретите других игроков — расскажите о себе 😉

Читать полностью…

🎭 Без лица, но с профилем ДНК

Иногда преступник уходит, не оставив следа. Почти. Остается только молчаливый свидетель — ДНК. Ранее мы рассказывали, как судебная генеалогия (IGG) помогает вычислять преступников через их дальних родственников в открытых базах данных. Но что, если нет совпадений даже там?

⌛️ Можно ли установить внешность только по генетическому коду?

Мы всё больше узнаем о том, какие гены связаны с внешностью и как именно. Впервые фоторобот, созданный на основе ДНК-фенотипирования — попытки «прочитать» внешний облик человека по его генетическому коду — был обнародован в 2015 году в рамках расследования убийства. Тогда алгоритмы от компании Parabon NanoLabs сопоставили SNP-маркеры с возможными чертами лица и выдали статистически обоснованный прогноз. С развитием технологий метод начали использовать всё чаще. Но из-за невысокой точности и «размытости» портрета он редко служит решающей уликой в суде.

Технологию все время апгрейдят. Так, весной этого года китайские исследователи представили Difface — мультимодальную модель ИИ нового поколения для реконструкции 3D-изображений человеческого лица. Для её обучения использовалась база данных, содержащая 3D-снимки лиц и SNP-профили почти 10 000 представителей ханьской народности. Difface с высокой точностью совмещает ДНК-данные с визуальной реконструкцией и позволяет учитывать возрастные изменения. Но, конечно, технология ещё далека от совершенства.

Это впечатляет. Или пугает? Снова всплывают этические вопросы:
• Можно ли использовать ДНК из открытых баз, если человек — не подозреваемый?
• А если лицо получится лишь «похожим», но не точным — может ли это стать причиной ложного обвинения?
• Где проходит граница между поиском справедливости и тотальной слежкой?

🐧 Одно можно сказать точно — курс по Linux стартует уже в эту субботу. А значит, пора действовать: https://clck.ru/3NjoF8

Читать полностью…

🤔 Помните MCCMB'25?

Там мы встретили Дарью Бородко — биоинформатика, сотрудницу НИИ общей патологии и просто замечательного преподавателя курсов «Анализ NGS-данных» и «Статистика, R и анализ данных»

В пятиминутном интервью Даша рассказала:

➤ об обновленной программе курса
➤ о своем докладе на конференции
➤ и ответила на короткий, но забавный блиц

🐕 А пока Варвара в отпуске по уходу за Яшей, по всем вопросам пишите нашей Наташе (@kova_24) — вам быстро ответят и помогут со всем разобраться ❤️

Также заботливо напоминаем, что курс по анализу NGS-данных начинается уже 8 сентября, а до 25 августа действует низкая цена

Читать полностью…

🧬 Открыта регистрация на Курчатовский геномный форум (КурчатовГенТех-2025), который состоится в Москве 20 – 21 октября.

✅ В рамках форума планируется работа трех секций:

- «Формирование современного облика отечественного сельского хозяйства».
- «Генетические технологии для профилактики и лечения социально значимых заболеваний»;
- «Генетические технологии для промышленной микробиологии»;

⚗️ Кроме того, программа КурчатовГенТех включает научно-практический симпозиум по структурной биологии.

Все тезисы устных и постерных докладов, представленных авторами в рамках КурчатовГенТех-2025, будут опубликованы в сборнике трудов форума, который индексируется в РИНЦ.

Организатором выступает головная научная организация Федеральной научно-технической программы развития генетических технологий на 2019 – 2030 годы НИЦ «Курчатовский институт».

Участие в форуме возможно в качестве слушателя, стендового или устного докладчика.

✅ Отправить заявку на участие и посмотреть программу: genrussia.ru/genforum

Реклама. Буланов Сергей Сергеевич, ИНН: 391429829755, erid: 2VtzqvNtYvD

Читать полностью…