Бластим: курсы и работа в биотехе

10 августа 2024 14:29

Я закончил(а) курс. Что дальше?🤔

На этот вопрос на заключительном занятии курса «Python для анализа данных в науке» отвечала Инга Егорова, профессиональный карьерный консультант.

Делимся основными рекомендациями, как не дать приобретённым знаниям обесцениться:

😬 Практика
Применяйте навыки в реальных проектах: участвуйте в конкурсах на платформах вроде Kaggle или работайте над pet-проектами. Практический опыт — лучший способ закрепить знания.

🛍 Новинки
Биоинформатика — быстро развивающаяся область. Подпишитесь на научные журналы, блоги, YouTube-каналы, чтобы оставаться в курсе последних исследований и технологий.

🤝 Единомышленники
Присоединяйтесь к профессиональным сообществам онлайн или офлайн. Это могут быть форумы, группы в социальных сетях или конференции. Общение с коллегами расширит ваши горизонты и поможет обмениваться опытом.

🤫 Ошибка? Это хорошо!
В биоинформатике многое работает через метод проб и ошибок. Ошибки — часть процесса обучения. Если что-то не получается, попробуйте придумать новый подход.

😥 Смежные навыки
Сильный биоинформатик должен разбираться в программировании, математике и биологии. Изучайте новые языки программирования (например, R или Python), математические методы или углубитесь в молекулярную биологию.

➕ Новые вызовы
Не останавливайтесь на достигнутом. Ставьте перед собой новые задачи — участие в конференции, получение стажировки или разработка собственного инструмента для анализа данных.

⭐️ Долгосрочные цели
Биоинформатика может показаться сложной и запутанной, но каждый шаг приближает к значимым результатам. Держите в уме конечную цель — это поможет сохранять мотивацию.

Развитие в биоинформатике — марафон, а не спринт. Завершение курса здесь – важный этап, но настоящее приключение только начинается.

Удачи 🥰

Бластим: курсы и работа в биотехе

07 августа 2024 11:23

Открыта регистрация на Курчатовский геномный форум (КурчатовГенТех-2024), который состоится в Москве 21 – 22 октября.

В рамках форума планируется работа четырех секций:

- Геномика. Эра больших данных;
- Конструирование живых систем. От селекции до синтетической биологии;
- Биотехнологии на острие технологического суверенитета;
- Животные модели в исследованиях здоровья и болезней человека.

Кроме того, программа КурчатовГенТех включает научно-практический симпозиум по структурной биологии.

В форуме можно принять участие в качестве слушателя, стендового или устного докладчика.

Все тезисы устных и постерных докладов, представленных авторами в рамках КурчатовГенТех-2024, будут опубликованы в сборнике трудов форума, который индексируется в РИНЦ.

Организатором выступает головная научная организация Федеральной научно-технической программы развития генетических технологий на 2019 – 2030 годы НИЦ «Курчатовский институт».

Отправить заявку на участие и посмотреть программу можно на сайте форума: https://genrussia.ru/genforum

Реклама. Буланов Сергей Сергеевич ИНН:391429829755 erid:2VtzquoRmZd

Бластим: курсы и работа в биотехе

06 августа 2024 18:03

2/3

🙂 Какова же последовательность современного метагеномного анализа?

Сначала ДНК образца нарезается случайным образом, после чего фрагменты секвенируются. Затем их необходимо упорядочить и реконструировать в согласованную последовательность, уже по которой можно будет сделать вывод о видовом составе микроорганизмов в сообществе и их роли в нем.

😶 Поскольку данные состоят из коротких считываний (ридов), необходим этап сборки, который создает длинные последовательности из коротких. Далее требуется сортировка «каши» из последовательностей по принадлежности к таксономическим группам — биннинг.

❓ Есть несколько способов определить, какому микроорганизму принадлежит последовательность. Например, это может быть анализ частоты использования кодонов, поскольку известно, что данная характеристика зависит от набора транспортных РНК и представляет собой уникальный «почерк» микроорганизма.
Другой вариант — анализ степени покрытия: широко представленные в сообществе микроорганизмы обладают широким покрытием, слабо представленные — узким. Вместе собираются контиги с одинаковым покрытием.
Кроме того, контиги можно собирать по сигнатурным наборам генов — это гены, которые содержаться в одной копии в любом геноме прокариот. В сборке должен быть полный набор этих единичных генов.

🧙 По итогу сборки получаются MAGи. MAG — это геном, собранный с помощью метагенома. Он представляет собой сборку одного таксона. В дальнейшем полученные MAGи нужно аннотировать. Как правило этот процесс начинается с автоаннотации: программа разбивает MAGи на белок-кодирующие последовательности и определяет входящие в их состав гены. Однако автоматика часто оперирует не самыми последними данными и требует дальнейшей ручной обработки или комбинации различных программ.

Бластим: курсы и работа в биотехе

04 августа 2024 09:08

Свежая подборка вакансий за рубежом ⚡️

💻 Computer Vision – Бельгия
Присоединяйтесь к VIB-KU Leuven Center for Cancer Biology в качестве вычислительного биолога, специализирующегося на анализе изображений и компьютерном зрении. Внесите вклад в исследование рака, развивая передовые методы обработки изображений.

😎 PhD в Молекулярной Микробиологии – Швейцария
The Boeck Lab из University of Basel, ищет PhD студента для изучения легочных инфекций с использованием CRISPR технологий. Идеально подходит для тех, кто имеет опыт в молекулярной биологии и микробиологии.

💻 Научный Сотрудник – Швеция
Umeå Plant Science Centre ищет научного сотрудника для поддержки Metabolomics Platform SciLifeLab. Работайте с продвинутыми методами масс-спектрометрии и разрабатывайте биоинформатические инструменты для анализа данных метаболомики.

📊 Биоинформатик – Великобритания
Immunocore предлагает вакансию биоинформатика в проекте разработки алгоритмов и инструментов анализа биологических данных для борьбы с онкологиями, инфекционными и аутоиммунными заболеваниями.

🤘 Постдок – США
Fischer Lab из Dana-Farber Cancer Institute ищет научного сотрудника для изучения убиквитиновых систем с использованием методов биохимии и структурной биологии.

👩‍💻 Постдоки и PhD студенты – Финляндия
The University of Jyväskylä приглашает присоединиться к проекту DYNANOINT. Группа исследует физические и химические свойства различных наносистем, используя вычислительные методы, основанные на теории функционала плотности, динамических симуляциях и искусственном интеллекте.

👉 Больше вакансий всегда на сайте blastim.ru

#бластим_вакансии

Бластим: курсы и работа в биотехе

30 июля 2024 18:32

🫣 Всё еще стесняетесь работать с большими данными, потому что они требуют серьезной обработки? В карточках разобрали часто встречающиеся сомнения тех, кто и хочет изучать Linux, и одновременно не решается прийти на курс «Экспресс Linux для NGS». Может, и ваши страхи совсем напрасны?

Каждый ваш вопрос, каждое «у меня тут не получалось» — это подсказки, благодаря которым мы постоянно улучшаем содержание и структуру курсов 💕

Бластим: курсы и работа в биотехе

26 июля 2024 13:25

Где учиться на биотехнолога в России? В ALMET TECH уже начался прием документов в магистратуру!

В ALMET TECH готовят инновационных лидеров, способных применять биотехнологии в различных отраслях: от добычи газа и нефти до утилизации отходов, производства продуктов питания и биологически активных ферментов. Учат сразу внедрять их в бизнес, работать с большими базами данных и использовать искусственный интеллект.

В процессе обучения магистранты:
– Получают навыки проектирования и разработки биотех-продуктов, начиная от идеи до MVP, вывода их на рынок, и масштабирования.
– Проходят практику на реальных проектах ПАО Татнефть
– Участвуют в научных конференциях ПИШ ИТМО, воркшопах и мастер-классах
– Получают стипендиальную поддержку для реализации своих проектов от 20 до 40 тыс.

Приём документов открыт до 2 августа!
Узнайте больше о преимуществах программы и становитесь студентом ALMET TECH: clck.ru/3C8hFL

Реклама. Университет ИТМО ИНН:7813045547

Бластим: курсы и работа в биотехе

23 июля 2024 12:10

Бесплатный обучающий курс для биотехнологов

Кто такой биотехнолог, чем он занимается и как им стать? Рассказываем в бесплатном обучающем курсе «Premasters: Введение в биотех».

Программа создана центром Bio & IT технологий — ALMET TECH специально для всех, кто хочет познакомиться со специальностью и прокачать свои знания. 6 детальных лекций от экспертов индустрии — мастхэв для старта в биотехе:

• стартер-пак работы в лаборатории
• дизайн эксперимента
• основы работы с микроорганизмами
• физические методы исследования
• клеточные технологии
• применение ИИ в биотехе

После прохождения курса можно смело надевать халат и заходить в лабораторию или в любой проект.

Получите доступ и мощный интеллектуальный буст для входа в профессию: clck.ru/3C4xao

Реклама. Университет ИТМО ИНН:7813045547

Бластим: курсы и работа в биотехе

20 июля 2024 16:00

Мальчик: перезагружает компьютер 15 раз, чтобы избавиться от синего экрана Windows
Мужчина: запускает Linux

😵 19 июля при загрузке компьютеров на операционной системе Windows пользователи массово наблюдали синий экран смерти (BSoD), появляющийся при системных ошибках. Причиной стало обновление сторонней программы от компании CrowdStrike, которая занимается кибербезопасностью. Сейчас обновление уже откатили. Полным ходом идут консультации пострадавших пользователей. В результате возможно крупнейшего сбоя в истории нарушилась работа авиаперевозчиков, банков, теле-, радиовещательных компаний и других организаций по всему миру. Пока еще сложно оценить масштабы недовольства клиентов и убытки компаний.

Подобные случаи, к сожалению, не единичны. За последние 10 лет произошло более десятка крупных сбоев в работе облачной платформы Microsoft Azure, длившихся по несколько часов.

Можно ли предотвратить последствия неминуемых ошибок? 🆘
Сбой не затронул пользователей macOS и Linux. Поэтому использование дублирующих операционных систем позволит компаниям подстраховаться в случае возникновения подобных ситуаций и защитить себя от последствий.

😳 А вы бы справились с острой необходимостью пообщаться с «дублером»? Предлагаем проверить навыки общения с командной строкой Linux с помощью нашего теста туть

Бластим: курсы и работа в биотехе

16 июля 2024 15:24

Кстати, опрос основан на реальных событиях отзывах 🙃

Если вы еще далеки от принятия, то всегда можете рассчитывать на дружеское плечо от Blastim на этом пути 🤗

Давайте начнем отрицать отрицание 🤐

Почему же Linux нужен и важен:

🟢 Незаменимые навыки
Умение работать с командной строкой и на сервере позволит быть независимым от других специалистов и быстрее решать задачи
🟢 Оптимизация
Биоинформатические программы часто написаны под Linux – знание Bash поможет ускорить работу и сделать ее эффективнее
🟢 Актуальные задачи
Начните самостоятельно анализировать NGS данные. Это не так сложно, как кажется
🟢 Новые карьерные горизонты
Возможность удаленной работы, перспективы в науке и IT

А если вы уже готовы перейти на следующие этапы, то пора на супер-интенсив «Экспресс Linux для NGS»

Что будет:

🔘 Основы работы в Linux, терминале и Bash
🔘 Знакомство с сервером и настройками
🔘 Работа с текстовыми файлами и таблицами
🔘 Скачивание файлов
🔘 Использование tmux для управления сессиями
🔘 Основы текстового редактора vim
🔘 Практическое задание по анализу данных NGS

Дата: 17-18 августа
Время: с 10:00 до 15:00 (Мск)
Формат: онлайн
Стоимость: 3500 р. Успейте до повышения цен 17 июля!

Больше подробностей здесь

Пссс ⚡️ Все зарегистрированные на курс «Анализ NGS-данных» получат доступ к «Экспресс Linux для NGS» в подарок😏

Бластим: курсы и работа в биотехе

14 июля 2024 13:26

Лабораторным животным пора в отпуск! А виртуальная крыса с искусственным интеллектом поработает за них: ИИ научили хорошо предсказывать, как живой мозг генерирует сложные движения тела 🐁

Ловкость живых существ — уникальное свойство, недоступное полностью ни одному роботу. Как наш мозг определяет расстояние до чашки с кофе, чтобы направить руку точно к ней, а потом поднести ко рту? Эти механизмы остаются тайной для нейрофизиологов. Данные, полученные от ИИ, могут пролить свет на нейроактивность реального мозга.

🧠 Исследователи из Гарварда в сотрудничестве с Google DeepMind создали виртуальную крысу, цифровой «мозг» которой способен очень точно имитировать поведение животного в физическом симуляторе. Искусственный интеллект обучали на записях нейронной активности живых грызунов. Теперь модель отлично воспроизводит сложные движения крыс, такие как бег или подъем на задние лапы.

«Мозг» цифровой крысы отслеживает положение её «тела» в виртуальном пространстве, которое учитывает физические силы, такие как гравитация. На основе этих данных ИИ прогнозирует и запускает движения, необходимые для достижения цели. Интересно, что виртуальная крыса смогла не только повторять выученное, но и применять навыки в незнакомых ситуациях.

🐀 Активность областей мозга, отвечающих за управление двигательными навыками, одинакова у реальных и виртуальных крыс. Это открытие превращает виртуальную крысу в ценный инструмент для развития нейронаук. С помощью подобных моделей можно проложить путь к более глубокому пониманию сложных процессов, происходящих в нервной системе.

#выходные_у_бластим

Бластим: курсы и работа в биотехе

11 июля 2024 16:12

Присоединяйтесь к оплачиваемой лидерской программе от крупнейшего производителя страны Русагро и становитесь востребованными специалистами сразу после вуза!

Развивайтесь в направлениях:
— молекулярная биотехнология;
— продукты питания из растительного сырья и животного происхождения;
— ветеринария, зоотехния.

Вас ждет:
💸 зарплата от 150 000 рублей в Москве и от 67 500 рублей — в регионах;
🏃 ДМС, помощь с переездом и компенсация спорта;
🚀 личный трек развития и поддержка наставника.

На программе вы сможете попробовать себя в разработке инновационных решений по снижению заболеваемости животных и планировать эксперименты по модификации штаммов-продуцентов.

Зарабатывайте выше рынка и повышайте квалификацию сразу после вуза — регистрируйтесь >>

Бластим: курсы и работа в биотехе

08 июля 2024 16:15

Времени достаточно, но его нет ⏰

Блокбастер Бластима — курс «Анализ NGS-данных» — не опять, а снова уже с 9 по 20 сентября!

Напомним, почему же этот курс так уважают-обожают? 😍

🔹 Для всех и каждого: от бакалавров до постдоков, от самых мокрых биологов и врачей-клиницистов до программистов
🔸 Новое + легендарное: систематизируем знания о последних технологиях секвенирования, обработке ридов, сборке и аннотации геномов, построении филогенетических деревьев и многом другом
🔹 Понятность сложных концепций: разбираемся в том, что происходит «под капотом» биоинформатических программ, учим применять их осознанно
🔸 Практика на реальных кейсах: отработаем навыки на актуальных задачах из современного научного мира
🔹 Подготовка к старту: уже перед началом курса вы получите необходимые материалы и ссылки для плавного погружения в методы секвенирования, работу с R, Linux и молекулярную биологию
🔸 Звездная команда: преподаватели-эксперты из лучших вузов России и не только
🔹 Гибкость формата: онлайн из любой точки мира и оффлайн в Москве! Мы скучаем по личному общению и очень советуем наши уютные кофе-брейки для нетворкинга

Больше подробностей 👉 здесь

Чтобы не было про «лето красное пропели», запишитесь на хитовый курс по самой выгодной цене до подорожания 9 июля.

А еще бонусы?

Перед курсом мы организуем интенсив «Экспресс Linux для NGS». Все, кто сомневается в своих силах, смогут приручить свои страхи и сделать первые шаги в биоинформатике. При покупке курса «Анализ NGS-данных» интенсив «Экспресс Linux для NGS» вы получаете в подарок!

Бластим: курсы и работа в биотехе

06 июля 2024 18:55

И швец, и жнец, и на дуде игрец!

В нашей любимой рубрике #про_карьеру_по_субботам выкладываем ролик про самую универсальную профессию во Вселенной — ТЫЖБИОЛОГ 🐸🦜💊☘️ 🧪🐠

Слышали про такую? А какие обязательства на вас накладывает ваш диплом? 🎓

Оригинал видео в 📱

Бластим: курсы и работа в биотехе

04 июля 2024 19:00

🏖 Проект ImageNet известен по огромной базе данных аннотированных картинок, а также конкурсу по распознаванию изображений, где компьютерному зрению предлагалось определить, к какому из 1000 классов принадлежит объект. Как мы рассказывали ранее, в 2012 году соревнование безоговорочно выиграла сверточная нейросеть AlexNet.

До этого никто и подумать не мог, что глубокое обучение может опередить другие алгоритмы в такой задаче. Но вот смогло! Конечно, нейросеть AlexNet была несовершенна и допускала ошибки — около 16%. Люди на том же датасете ошибались только в 5% случаев 🤖

Однако спустя 3 года исследователи из Microsoft, многократно нарастив число слоев нейросетки, создали новый инструмент ResNet и довели процент ошибки до менее 4%, превзойдя человеческие способности! И правда: когда люди долго рассматривают картинки, они начинают отвлекаться, уставать и терять концентрацию, а машина нет.

Сейчас нейросети со сложной архитектурой умеют не только банально отличать «котиков» от «песиков», но и генерировать уже трудно отличимые от реальных фото картинки. А у нас число слоев зрительной коры так и не увеличилось 🧠

👀 Поэтому в горячую пору отпусков и каникул мы решили проверить, а вы еще можете невооруженным глазом распознать, где реальное фото с отдыха, а где ИИ-творение? Пишите в комментариях:) Правильные ответы — завтра.

Бластим: курсы и работа в биотехе

01 июля 2024 17:15

🦅 Ну что, бердвотчеры, видели такую птицу? IBIS летит!

IBIS (Inference of Binding Specificities) — международное соревнование по использованию методов биоинформатики и машинного обучения для предсказания ДНК-паттернов, узнаваемых регуляторными белками человека.

Челлендж начался в марте, но сейчас еще можно присоединиться (дедлайны продлены). Подробности в свиттере Ивана Кулаковского: ссылка (надо VPN)

Для участия пригодятся навыки программирования, анализа данных и базовые знания биоинформатики. Организаторы соревнования — международный консорциум лабораторий из 🇨🇦-🇨🇭-🇩🇪-🇷🇺

📜 Победители станут соавторами публикации в престижном научном журнале, а лучшие методы определят стандарт поиска и представления новых ДНК-паттернов.

🔗 Соревнование полностью онлайн, подробности на сайте: ibis.autosome.org
📱 А вот телегруппа конкурса: /channel/ibischallenge

P.S. Организаторы будут рады и благодарны ретвитам и репостам и ждут новых участников!

#бластим_рекомендует

Бластим: курсы и работа в биотехе

08 августа 2024 09:36

🍽 Гастрофест от Blastim!

Закуски – начинаем с лёгкого

🍞 Экспресс Linux для NGS (17-18 августа) – доступный, как и бутерброд с маслом – мы за него умереть готовы!

🧀 Бесплатный вебинар «Совместный анализ клинических данных и микробиоты» (25 августа) – новое на нашей кухне.

🌶 Бесплатный Special от Владимира Шитова (29 сентября) – пикантные нотки машинного обучения.

🥝 Бесплатный Special вебинар от Ивана Позднякова (13 октября) – насыщенный вкус статистики.

Горячее – для плотного обеда

🍗 Анализ NGS-данных (9-20 сентября) – наша котлетка с пюрешечкой – её хотят все!

🍛 ML на Python (15 октября - 30 ноября) – насыщенный и полезный, как борщичек, с капусткой, но не красный!

🥟 Статистика, R и анализ данных (28 октября - 17 ноября) – идеальный баланс удовольствия и мяса, как в пельмешках.

Extra – особые предложения на десерт

🧇 Я пообещал себе больше никаких сладостей! Зачем ты одурманила меня, вафелька «Как искать и находить работу в науке и не только» (18 ноября - 2 декабря). Все для вашей карьеры.

🌭 Ученый будущего (3-21 декабря) – в школе мы даже и подумать не могли, какой простор для работы предоставит нам искусственный интеллект! Наш нашумевший, как булочка с сосискою, курс по ИИ обновился и стал хот-догом!

Работа работой, а самое вкусное по расписанию с Blastim!

Бластим: курсы и работа в биотехе

06 августа 2024 18:03

3/3

Shotgun метагеномика — это работающий способ узнать больше о микробном сообществе. Однако метагеномика не лишена недостатков. В сообществе могут встречаться гены, чья функция до сих пор не установлена, что оставляет в общей картине белые пятна. Кроме того, наличие определенных генов ничего не говорит об их экспрессии, и для получения этой информации нужна уже метатранскриптомика.

✨ Сделать первые шаги в метагеномике можно на нашем самом популярном курсе «Анализ NGS-данных». Приходите триммировать, картировать, аннотировать, собирать, снипколлить в компании профессионалов. А до 9-го августа еще можно успеть на регистрацию по выгодной цене! ⚡️

Подготовлено при участии Анны Кузнецовой

Бластим: курсы и работа в биотехе

06 августа 2024 18:03

🧬 Метагеномика… Нет, это не приложение от создателей фейсбука. А большое направление в биоинформатике, которое выясняет как устроены те или иные сообщества организмов.

Как функционирует современная метагеномика в эпоху NGS читайте в нашем материале.

1/3

👉 Технологии секвенирования долго применялись для установления последовательности ДНК клеток только одного вида (то есть «чистых культур»), а вот при попытке секвенировать материал из природных образцов возникало немало проблем.

Собственно метагеномика стартовала с секвенирования отдельных ампликонов. И здесь, безусловно, самый известный маркер для прокариот — ген 16s rRNA. По его последовательностям можно оценить разнообразие организмов сообщества. Благодаря этому методу в 1977 году ученые открыли новый домен жизни — Архей.

🌡 Но особенно преобразилась метагеномика с началом эры NGS. А именно стало распространяться полногеномное секвенирование и, соотвественно, Shotgun метагеномика. Она позволила определять таксономию и давать количественную оценку организмов вплоть до вида. Но главное ее отличие заключалось в том, что благодаря упорядочиванию множества различных частей генома каждого организма стало возможно выяснять еще и их функции в сообществе.

Бластим: курсы и работа в биотехе

01 августа 2024 12:45

📌Что: Международная конференция «Biomembranes 2024»
📌Когда: 7-11 октября 2024 года
📌Где: Долгопрудный, МФТИ (Институтский переулок, 9)
📌 Сайт
📌 Telegram канал
📌 Группа ВКонтакте

Центр исследований молекулярных механизмов старения и возрастных заболеваний МФТИ (Физтех) совместно с институтом iHuman (Шанхай, Китай) приглашают студентов, аспирантов, ученых и специалистов, чья деятельность связана со структурной и молекулярной биологией, биофизикой и смежными дисциплинами.

Ведущие учёные из России, Китая, Индии, Бразилии и других стран расскажут о передовых исследованиях в области биологических мембран, мембранных и водорастворимых белков и других биологических макромолекул, теоретической биофизики и компьютерного моделирования, роли биомембран и биологических макромолекул в нормальных и патологических процессах, старении и возрастных (в т.ч. онкологических, нейродегенеративных и сердечно-сосудистых) заболеваниях.

Рабочий язык мероприятия — английский 🇬🇧

📌 Регистрация открыта!
⏳ Подача тезисов до 29 августа

Реклама. Мишин Алексей Викторович ИНН:773460064059 erid:2VtzqxiAVLX

Бластим: курсы и работа в биотехе

28 июля 2024 18:47

🧐 Учёные часто суют свой нос в чужие дела увлекаются «расследованиями» в разных областях знаний и достигают успехов. Так, Дерек Эбботт, профессор электротехники из Университета Аделаиды (Австралия), помог идентифицировать загадочного «человека из Сомертона».

😳 В 1948 году на пляже Сомертон нашли тело мужчины. Тайна его личности сохранялась 70 лет. В 2009 году Эбботт начал собственное расследование. Он пытался с помощью ИИ воссоздать лицо погибшего по посмертной маске, хранящейся в Музее полиции. В ходе работы с маской было найдено нечто более ценное: пучки волос, т.е. потенциальный источник генетического материала.
👨‍👩‍👧‍👦 Для поиска родственников используют информацию об однонуклеотидных полиморфизмах (SNP) в геноме. Это вариации в одной паре нуклеотидов ДНК, которые встречаются с определённой частотой в популяции. Совпадения по набору SNP между пользователями позволяют определить родственников. Для анализа нужно от 500 тысяч до 2 миллионов SNP. Однако, при исследовании волос погибшего генетики получили ДНК низкого качества и только 50 000 SNP.
⚡️ Но хорошо, что Эбботт не биолог. Он предложил попытаться выделить ДНК из стержня волос, вопреки стандартным методам криминалистики, где используются только корни. В определении личности полагаются на короткие тандемные повторы (STR) в геноме и длина изучаемой ДНК должна быть большой. Стержень же содержит очень фрагментированную ДНК – это неподходящий материал для получения образцов ДНК нужного качества. Но Эбботт решил, что для анализа SNP подойдет и раздробленная ДНК.
🥳 В итоге Эбботт и коллеги действительно получили образцы ДНК из стержня, детектировали 2 миллиона SNP и построили генеалогическое дерево. Так, личность «человека из Сомертона» была установлена. Вскоре исследователи вышли на живых родственников покойного, проанализировали их ДНК и подтвердили свои результаты.

🤔 Но в этой истории остается еще много интригующего: шпионы, шифры, Хайям, яд... Кто знает, может эти загадки тоже ждут человека, который поменяет правила игры.

#выходные_у_бластим

Бластим: курсы и работа в биотехе

24 июля 2024 11:56

Подумаю об этом завтра сегодня 🦥

Некоторые эксперты считают, что прокрастинация — это побочный продукт эволюции: нашим далеким предкам было невыгодно заглядывать в далекое будущее, нужно было выживать здесь и сейчас. Но кто же знал, что из-за таких установок людей в 21 веке ждет страшная битва стремления к саморазвитию и желания позалипать в короткие видосики? 🤨

Хорошо, что мы давно на другой ступени эволюции и умеем побеждать коварную прокрастинацию благодаря нашей префронтальной коре. Главное — найти причину откладывания дел. Чаще всего это страх неудачи.

План борьбы:
🫥 Разбить большую задачу на маленькие
🤨 Представить самое плохое, что произойдет в случае неудачи
☹️ Обесценить страхи

Например, вы хотите сменить работу, но боитесь остаться ни с чем. Неизвестность пугает, и это нормально. Давайте снизим уровень глобальности задачи: для смены сферы нужны новые навыки. Это тоже страшно из-за вероятности сделать неправильный выбор. Не хочется проходить долгие и дорогостоящие курсы — а вдруг это не ваше? Для того, чтобы убедиться в правильности решения, попробуйте войти в новую профессию на короткий интервал времени с минимумом вложений. В таком случае, если вам не понравится, вы больше не будете тратить ресурсы и продолжите поиск в другом направлении. Да, возможно, будет грустно, что попытка не удалась, но сколько времени и сил можно сэкономить, не возводя воздушные замки.

Специально для профессионального «переобувания» создан супер-интенсив «Экспресс Linux для NGS». Здесь те, кто сомневаются в своих силах и мотивации, смогут погрузиться в будни биоинформатиков на два дня.

📆 17-18 августа, с 10:00 до 15:00 (Мск), онлайн

🔗 Больше подробностей здесь

А если захотите продолжить погружение в мир анализа данных, то мы предлагаем индивидуальные скидки (равные стоимости интенсива) на прохождение полного курса по анализу NGS 🎁

Бластим: курсы и работа в биотехе

21 июля 2024 16:38

Есть только одно средство стать культурным человеком – чтение секвенирование🤓

Лишь год назад была опубликована статья, в которой сообщалось, что секвенирование недостающих участков Y-хромосомы завершено и проект «Геном человека» можно считать выполненным.

📖Часто геном сравнивают с книгой, в которой записана вся информация о человеке. Казалось бы, полное «руководство» к жизни уже в наших руках… Но книги хороши только для тех, кто умеет их интерпретировать. Вот и после прочтения ДНК необходим правильный анализ. Так, множество полученных данных стимулировало изучение сложности генома и функций его отдельных генов.

А что с другими «книгами»?

В 2002 году группа исследователей под руководством Крейга Вентера, одного из лидеров проекта «Геном человека», опубликовала статью, описывающую разнообразие морской микробной жизни по результатам секвенирования ДНК из образцов воды. Анализ метагеномов практически сразу вышел за рамки простой таксономической идентификации. Он стал полноценной функциональной геномикой, позволив идентифицировать новые ферменты и метаболические пути – Клондайк XXI века 🪙

Изучение геномов произвело революцию во многих областях, доведя ее до таких масштабов, которые невозможно было себе представить всего 20 лет назад. Сейчас нам доступно секвенирование отдельных клеток, а лаборатории по всему миру могут похвастаться секвенаторами как обычным инструментом. Тенденции подталкивают к миру, где еще через 20 лет мы будем привычны к тому, о чем сегодня боимся мечтать.

Бутылочное горлышко современной геномики – качественный анализ невероятного количества уже полученной информации. Но вы же знаете, что так просто начать путешествие в океане данных вместе с Blastim 😏

#выходные_у_бластим

Бластим: курсы и работа в биотехе

18 июля 2024 15:23

Медицинский институт РУДН запускает новую магистратуру «Генная и тканевая инженерия» – и это не просто обучение.

Представьте себе:

🔬 Лаборатории НИИ Молекулярной и клеточной медицины РУДН - это новая площадка. Здесь, среди передового оборудования и уникальных методик, вы будете разрабатывать инновационные генетические и тканеинженерные конструкции. Это место, где идеи превращаются в реальные проекты.

🌟 Актуальные проекты с профессионалами:
Вы будете работать бок о бок с ведущими учеными в биоинженерии. Каждый день – это шанс узнать что-то новое и внести свой вклад в будущее науки.

📈 Ваше будущее в науке и индустрии:
Выпускники этой программы становятся не просто специалистами, а лидерами. Научные институты, фармацевтические и биотехнологические компании, университеты – двери всех этих учреждений будут открыты для вас.

📑 Программа:
Студенты магистратуры получат подготовку в области клеточной биологии, генетики, биоинженерии, молекулярной медицины и многим другим направлениям.

Очная форма обучения, 2 года.

📆 Сроки и подача документов:
Прием документов до 20 августа 2024 года.
Прием документов для претендентов на грант до 22 июля 2024 года.

📲 Узнайте больше на официальном сайте https://admission.rudn.ru/master/directions/programs/gennaya_i_tkanevaya_inzheneriya_ochnaya6211967_6212041/6225581/

Остались вопросы, задавайте руководителю программы
Вишнякова Полина
+7 915 065-85-77
vishnyakova-pa@rudn.ru

Ваше будущее начинается сегодня. Начните свою карьеру в биоинженерии с нами!

Реклама. Вишнякова Полина Александровна ИНН:665805816765 erid:2VtzqvyFuW2

Бластим: курсы и работа в биотехе

15 июля 2024 16:31

Ребята! Если вы хотели постажироваться в «Бирюче» и ждали набора летом 2024 — у нас для вас хорошие новости.

Теперь мы набираем стажеров каждый сезон. Есть три направления — химия, биотехнологии и аналитика инноваций. Выбирайте, какое нравится больше, и приезжайте к нам учиться.

Есть нюанс: каждому кандидату предстоит пройти отбор и вступительные испытания. Но ничего — вы справитесь.

Оно того стоит: каждому успешному кандидату мы покроем затраты на дорогу, обеспечим проживание на территории «Бирюча» и заплатим гонорар (90 000 руб. в месяц).

А тем, кто хорошо проявит себя во время стажировки, мы предложим работу в Инновационном центре.

Этим летом к нашей команде присоединились новые молодые специалисты — сразу после стажировки в «Бирюче». Спросите их сами — они подтвердят.

Ждем ваших заявок по ссылке:
https://forms.yandex.ru/u/667526f2d04688566d53d620/
До встречи!

Реклама. ООО Бирюч. ИНН 3122002473. erid: 2VtzquyDjz1

Бластим: курсы и работа в биотехе

12 июля 2024 18:24

Лаборатория Генетической Инженерии Патогенных Микроорганизмов НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера ищет генетика с опытом в real-time PCR ⚡️

Лаборатория занимается исследованиями в области филогенетики и филодинамики патогенных природно-очаговых вирусов в РФ и Африке, активно публикуется и сотрудничает с международными научными организациями.

Обязанности:
🔹 Изучение распространенности вирусов, вызывающих природно-очаговые инфекции в РФ, Африке, Средней Азии, Вьетнаме и Иране.
🔹 Исследование филогенетики, филодинамики и генетических особенностей вирусов.
🔹 Разработка новых средств детекции вирусов, в том числе на основе метода ПЦР в режиме реального времени.
🔹 Написание технической документации, взаимодействие с отделом регистрации.
🔹 После испытательного срока предполагается руководство группой из 2-3 человек.

Требования:
🔸 Высшее образование по специальности (предпочтение кандидатам с ученой степенью).
🔸 Опыт работы не менее 5 лет.
🔸 Владение методом Real-time PCR, навыки работы в ламинарном боксе.
🔸 Знание программ для работы с нуклеотидными последовательностями, методов построения филогенетических деревьев, умение подбирать праймеры и анализировать научную литературу.
🔸 Самостоятельность, аккуратность, усидчивость, умение осваивать новые методики.
🔸 Наличие публикаций, индексируемых в базах данных Scopus/WoS.

Условия:
▫️ Молодой коллектив и возможность карьерного роста (руководство группой, лабораторией, международными проектами).
▫️ Испытательный срок – 3 месяца.

Зарплата:
☑️ Конкурентная заработная плата в зависимости от квалификации (для кандидатов наук от 100 000 рублей).

Откликнуться на вакансию можно здесь.

#бластим_вакансии

Бластим: курсы и работа в биотехе

09 июля 2024 13:49

Давно мечтали продемонстрировать свои таланты автора в области биологии и смежных наук? 💫
Тогда 14-й сезон конкурса научно-популярных статей о современной биологии — «Био|Мол|Текст» — это то, что нельзя пропустить!

Биомолекула приглашает увлекательно рассказать, ярко проиллюстрировать или оригинально снять что-то на биологическом 🥰

«Био|Мол|Текст» – одно из самых авторитетных событий в мире популяризации науки.
Конкурс уже не первый год собирает лучших авторов, которые рассказывают о сложном просто 🧬

📅 Работы принимаются с 1 июля по 1 декабря 2024 года включительно. Все подробности на сайте Биомолекулы здесь.

Не упустите возможность принять участие в масштабном конкурсе и внести свой вклад в развитие науки и образования 📚

#Биомолтекст2024
#Бластим_рекомендует

Бластим: курсы и работа в биотехе

07 июля 2024 20:18

Хотите охладиться? ❄️

🏔 Мы тоже! Поэтому давайте перенесемся в норвежские фьорды. Глубоко под землей в горном массиве внутри переоборудованной шахты Лефдаль раскинулся огромный дата-центр. Именно там в 2025 году установят самый скоростной суперкомпьютер в стране, и значительные вычислительные ресурсы станут доступны ученым всей Норвегии. Но какова цель? Не отстать в гонке искусственного интеллекта, конечно!

Кстати, тоже самое делает и американское правительство. 6 мая Национальный научный фонд в рамках инициативы по поддержке изучения ИИ предоставил 35 лучшим исследователям суперкомпьютерное время на имеющихся в распоряжении государства машинах.

🤖 Хотя многие ИИ-лаборатории США давно получают достойное финансирование, они всё же ограничены в своих исследованиях из-за недоступности передовых компьютеров. Скажем, чтобы обучить GPT-3 понадобилась работа 1024 высокопроизводительных графических процессоров A100 на суперкомпьютере Microsoft в течение месяца. Это обошлось Open AI в несколько миллионов долларов. У вузов таких возможностей не было. Теперь государство, пытаясь сократить разрыв между академией и индустрией, подготовило 6-летний план наращивания ИИ-ресеча стоимостью $2,6 млрд.

Среди первых победителей половина связана с науками о жизни. Например, экологическая модель Lake-GPT для прогнозирования влияния климата и землепользования на качество воды в озерах получила 750 тыс. GPU часов на суперкомпьютере Summit. Специалисты из университета Айовы добились себе 920 тыс. GPU часов на машине Frontera для обучения ИИ-системы InsectNet, которая поможет фермерам выявлять сельхоз-вредителей по фото на смартфон 🐛 Другие любопытные проекты: скрининг лигандов асиалогликопротеинового рецептора, базовая модель единичных клеток для биологии растений, мультимодальная модель для онкологических приложений, белковый дизайн с помощью диффузии.

Контекст. Суперкомпьютеры построены по тем же принципам, что и обычные ПК, но имеют тысячи мощных центральных и графических процессоров (как раз таких, что Nvidia делает). Для их функционирования требуется специальная инфраструктура, системы отвода тепла. Например, в Норвегии суперкомпьютер будет охлаждать морская вода из фьорда, связанного с ледником, что очень удобно.

Суперкомпьютеры могут анализировать гигантские объемы данных и характеризуются невероятной скоростью вычислений. Ключевая характеристика — число операций с плавающей запятой в секунду (или флопс). В 2022 году был запущен первый в мире экзафлопсный компьютер Frontier, который осуществляет 1,2 квинтиллиона операций в секунду и удерживает первенство в рейтинге TOP500 суперкомпьютеров на Земле. К слову, 100% машин из списка работают на операционных системах семейства Linux 🐧

Суперкомпьютеры пользуются спросом в науке: они применяются для прогнозирования погоды, исследований рака, термояда, палеонтологии, поиска лекарств и уже демонстрировали замечательные результаты, когда еще в мире ИИ наблюдалась «зима» 🧊

#выходные_у_бластим

Бластим: курсы и работа в биотехе

05 июля 2024 18:42

⚡️ Пятничная подборка вакансий за рубежом

🇨🇭 Постдок, структурная биоинформатика (Швейцария)
Лаборатория Pedro Beltrao в ETH Zurich ищет постдоков в проект по исследованию структуры белков современными методами (AlphaFold2). Нужен опыт в структурной биоинформатике, степень PhD, знание методов глубокого обучения и проектирования белков. Дедлайн: 20 июля.

🇺🇸 Машинлернер, нейросайнс (США)
Группа Dr. Kinreich применяет ИИ для изучения сетей нейронов, генетики и факторов риска, лежащих в основе заболеваний мозга. Нужна степень PhD или магистра, знание Python и Matlab, опыт в области нейровизуализации, машинного обучения и вычислительного моделирования будет плюсом.

🇬🇧 Биоинформатик в Illumina (Великобритания)
Предстоит разрабатывать алгоритмы для молекулярной диагностики рака с помощью NGS. Требования: PhD, знание статистики и методов биоинформатического анализа, опыт в геномике, языков Python или C++.

🇩🇪 Стажировка по биоинформатике в Roche (Германия)
Команда генной терапии рекомбинантными AAV компании Roche приглашает студентов на стажировку. Предстоит применять биоинформатические тулы в анализе омиксных данных (метаболомика, протеомика). Требования: знание R и Python, опыт анализа данных, работы с Docker.

🇫🇷 Постдок, биоинформатика (Франция)
Проект ESCALATE в Университете Лилля занимается исследованиями рака с помощью РНК-сек. Предстоит оптимизировать алгоритмы количественной оценки РНК. Нужен опыт в области биоинформатики и знание компилируемых языков Rust или С/C++.

👉 Больше вакансий всегда на сайте blastim.ru

#бластим_вакансии

Бластим: курсы и работа в биотехе

02 июля 2024 13:40

Друзья, делимся радостной новостью: вчера вечером стартовал тот самый питон 🎉

Бластим невероятно рад видеть всех участников курса 👋 На первом занятии студентов ждала не только философия Python от Александра Ильина, но и зарядка мотивацией от коуча Инги Егоровой. И, конечно, дзшка!

Пусть небольшими, но осмысленными шажками при поддержке тим Бластим участники пройдут весь путь от «Hello, world» до весьма продвинутых биоинформатических тулов.

В следующий раз питонический курс состоится не раньше 2025 года, зато пока можно поучиться на других бластимовских программах. А если вы хотите следить именно за нашим летним пайтоном, то мы пообещали делать короткие видеотрансляции с места событий в уютном чатике. Тоже заходите: /channel/+f5kx-_ISRnkzMjdi

И спасибо, что вы с нами! Не переключайтесь, скоро — еще интереснее

Бластим: курсы и работа в биотехе

30 июня 2024 19:55

ИИ «на массе»: машинлернерам нужны белки

🐿 Как всякий фанат ждет выхода очередной серии любимого сериала, так и каждый структуральщик хочет скорее увидеть новый AlphaFold. И вот в мае команда из Google DeepMind во главе с Джоном Джампером представила AlphaFold3. Модель предсказывает пространственную укладку белков еще точнее, чем AF2. Но главная фишка — это способность прогнозировать структуру белковых комплексов и взаимодействия между белками и малыми лигандами или ДНК/РНК. AF3 принимает на вход последовательности нескольких молекул и выдает совместные 3D-картинки.

Нейросеть превосходит как классические программы докинга (Vina), так и новаторские тулы прогнозирования структур мультибелковых комплексов (AlphaFold-Multimer). Обгоняет AF3 и аналогичную модель RoseTTAFold All-Atom — ее в марте выпустила конкурирующая лаборатория небезызвестного Дэвида Бэйкера. Чтобы добиться таких результатов, пришлось существенно доработать архитектуру нейросети AF2 🤖 Например, прибегнуть к диффузионным моделям. Однако в отличие от прошлого раза компания не открыла исходный код и веса модели, а только предоставила доступ к веб-сервису и поделилась «псевдокодом», поскольку не хочет, чтобы фармкомпании коммерциализировали инновацию. Сторонники open-source в бешенстве, энтузиасты пытаются воссоздать алгоритм и сделать его полностью доступным, были даже взломы сервера AF3 😱 На этом фоне DeepMind обещала поделиться кодом с академическими исследователями в течение 6 месяцев.

🧬 Если AlphaFold и другие структурные модели, требующие для обучения экспериментальные данные, — уже давно на слуху, то сейчас набирает популярность другой подход — искать скрытый смысл в аминокислотных последовательностях, подобно тому как ChatGPT постигает закономерности человеческих текстов. Речь про белковые языковые модели (pLM). Они уже показали очень любопытные результаты, в том числе для предсказания фолдинга и de novo дизайна белков. Так, недавно ученые из стартапа Profluent под руководством Али Мадани получили с помощью pLM первые искусственные CRISPR-ножницы ✂️ и даже «порезали» ими гены человека!

Известно, что для генно-инженерных целей наиболее удобен белок SpCas9, хотя в природе много и других систем, которые ученые продолжают интенсивно искать в сообществах микроорганизмов 🧫 Но машинлернерам из Беркли естественного разнообразия оказалось мало. Специалисты, проанализировав сотни известных микробных геномов и метагеномов, обнаружили более миллиона оперонов и создали целый Атлас CRISPR-Cas. Далее они дообучили белковую языковую модель ProGen, которая умеет предсказывать следующие аминокислоты в цепочке, на собранных данных и попросили сгенерировать миллионы новых Cas-нуклеаз. Потом 200 наиболее перспективных последовательностей они синтезировали в лаборатории и трансфицировали плазмидами с ними (+гидовой РНК) человеческие клетки линии HEK293T. Многие ИИ-редакторы эффективно отредактировали гены, а один, названный OpenCRISPR-1, показал даже меньшую офф-таргет активность, чем природный белок. Разработчики надеются, что ИИ CRISPR-системы будут точными и универсальными и однажды дойдут до клиники.

#выходные_у_бластим