Бластим: курсы и работа в биотехе

14 сентября 2024 16:08

🧠 Даже новый айфон 16 настроен на работу с нейросетями. А вы?

Собрали свежих вакансий, для которых скилы в ML, такие как продвинутый скриптинг на питоне, знание фреймворков искусственного интеллекта и навыки построения моделей, которые мы даем на курсе по машинленингу, будут очень кстати!

🇸🇪 Постдок — Швеция
Кафедра медицины Уппсальского университета приглашает постдока в международный проект от ведущих ветеринарных экспертов. Задачи на позиции — анализ мультиомных данных образцов легких лошадей с астмой, выявление подтипов заболевания с помощью ML. Требования: навыки программирования (питон/R) и умение анализировать данные NGS. Опыт в интеграции данных/машинном обучении как плюс. Дедлайн: 18 сентября. Ссылка

🇩🇪 Аспирант — Германия
Институт ISAS приглашает подать заявку на PhD в области анализа биомед-изображений. Предстоит разрабатывать ML-алгоритмы для сегментации микроскопических изображений, внедрять базовые модели в рабочие процессы, реализовывать ПО на питоне. Требования: степень магистра, опыт в машинном обучении, компьютерном зрении, уверенная работа с PyTorch, Git, знакомство с мультимодальными моделями. Дедлайн: 21 сентября. Ссылка

🇬🇧 Senior Computational Research Engineer — Великобритания
Лаборатория Фабиана Фролиха в Институте Фрэнсиса Крика строит вычислительные модели для изучения внутриклеточного сигналинга. Вы будете разрабатывать и поддерживать научный софт, обучать других членов команды. Идеальный кандидат: PhD, продвинутые программистские скилы на Python, знание фреймворков машинного обучения, линала, методов оптимизации, построения пайплайнов. Зп £50К. Дедлайн: 10 октября. Ссылка

🇸🇬 Биоинформатик — Сингапур
Центр EDDC по разработке лекарств ищет биоинформатика для анализа мультимодальных данных с целью поиска новых таргетов и биомаркеров. Вы будете интегрировать данные, заниматься прогнозным моделированием с помощью ИИ, разрабатывать пайплайны и управлять базами данных. Требования: PhD, опыт от 2 лет, навыки обработки данных в области геномики, bulk/sc-RNA-seq, протеомики, а также программирования на питоне/R. Дедлайн: 27 октября. Ссылка

🇺🇸 Хемоинформатик — США
Bristol Myers Squibb ищет научного сотрудника в команду хемоинформатики. Предстоит заниматься драг дизайном с помощью генеративного ИИ. Требования: PhD, опыт в ML в молекулярном дизайне, вычислительной химии, продвинутые навыки кодинга на питоне, а также опыт работы с библиотеками Pandas, PyTorch, Scikit-Learn, DeepChem, RDKit. Зп от $97К. Ссылка

🇷🇺 DS-биоинформатик — Россия
Кситест ищет биоинформатика-мидла для работы над проектами в области геномной селекции животных с привлечением ML-моделей и нейронных сетей. Требования: уверенное владение Python и SQL, знание матстата и тервера. Опыт разработки и поддержки ML-продуктов, опыт с биоинф-пакетами, знания биологии и попгенетики как «жирные» плюсы. Ссылка

#бластим_вакансии #про_карьеру_по_субботам

Бластим: курсы и работа в биотехе

10 сентября 2024 20:09

⚡️ Breaking news

В вечернем мини-дайджесте Бластима несколько ключевых событий, которым нельзя не порадоваться 🌙

🌸 Вчера 9 сентября стартовал наш «Анализ NGS-данных»! Начало курса — это не только огромное волнение для студентов, готовых впитывать новые знания, но и высокая ответственность для организаторов. Как отважная команда ночью готовила лекционный зал для очных занятий, смотрите в запретограмме. Больше эксклюзива с курса в риалтайм ищите тоже там: следуйте по линку и подписывайтесь!

❗️ Кстати, если вы хотите попасть на следующий сезон NGS (зима-весна 2025), можно забронировать место по самой минимальной цене right now: u.to/EP-cIA

💡 Завтра 11 сентября Бластим выступает на конференции РБК «Клиническая диагностика и персонализированная медицина» в Москве. А это значит, что можно прийти послушать выступление и познакомиться с нашим методистом Александрой! Она расскажет про тот самый обзор зарплат, рекрутинг и влияние образовательных продуктов на биотех-индустрию. Подробности в посте
Приходите. Please Please Please!

Бластим: курсы и работа в биотехе

06 сентября 2024 13:15

👌 «Python для анализа данных в науке» позади — вы отдышались и готовы к следующим шагам?
👌 Наш тест easy peasy lemon squeezy?

Тогда вот новый вызов — курс «Машинное обучение на Python для решения биоинформатических задач» с 15 октября по 30 ноября!

⭐️ Курс для тех, кто хочет:
- Перейти на продвинутый уровень программирования на Python: посмотреть все серии Pandas и массивы Numpy
- Погрузиться в мир объектно-ориентированного программирования
- Освоить классику машинного обучения и азы работы с нейросетками
- Научиться подбирать гиперпараметры и оценивать качество моделей
- Пройти методы кластеризации и снижения размерности
- Наконец понять, зачем брать производную и что такое градиентный спуск
- Повторить статистику не на R, как привыкли, а на питоне!

🍋 После курса вы сможете:
- Увеличить свою конкурентоспособность на рынке труда и вилку ЗП
- Открыть новые варианты развития карьеры

🫶 Любимые фичи от Blastim:
- Рандом-кофе. Мы формируем сообщество и поддерживаем неформальное общение во внеурочное время
- Онлайн-встреча с преподавателями курса. «Выжмем» из них все соки знания!
- Встреча с карьерным консультантом
- Онлайн-сообщество в Telegram

Будет очень сочно. Все подробности здесь

Бластим: курсы и работа в биотехе

03 сентября 2024 12:30

«А, это вы и пальцы за меня загибать будете? — Ага»

Собрали подборку AI-инструментов для тех, кто уже преодолел предубеждения относительно их использования в науке. Эти тулы подойдут тем, кто любит экспериментировать с возможностями нашего времени и ищет способы повысить продуктивность. Сохраняйте, тестируйте и поделитесь своим мнением!

📌 Поиск информации
Iris.ai: поиск и систематизация данных.
Semantic Scholar: поиск ключевых исследований по теме и анализ цитируемости.
ResearchRabbit: создание карт взаимосвязей между работами.
Scite.ai: оценка не только количества цитирований, но и контекста, в котором они используются.
Lateral.io: рекомендации и визуализация.

📌 Редактирование и рецензирование научных текстов
Writefull: проверка грамматики, стиля и предложения по улучшению.
Scholarcy: извлечение ключевых данных и выводов из статей.
Enago Read: совместная рецензия статей с командой.

У вас есть уже любимые AI-секреты для облегчения рутины? Расскажите нам и коллегам 🙂

А чтобы избегать плохих промтов и недопониманий, как у Вовки в Тридевятом царстве, у Бластим есть курс «Учёный будущего». 3 сентября он ещё доступен по самой низкой цене за три месяца до старта.

Бластим: курсы и работа в биотехе

01 сентября 2024 13:39

В наше время полногеномное секвенирование стало практически рутинным и доступным для большинства людей. Однако это не привело к 100% диагностике болезней 🤔

По данным на 2021 год, «роковые» мутации удавалось обнаружить лишь в четверти случаев. Несмотря на возможность анализа до 20 000 генов, ассоциации с патологиями известны только для 3 000 - 4 000 из них. Трудности в определении корреляций связаны с анализом и интерпретацией данных секвенирования: различные алгоритмы могут связывать одни и те же варианты мутаций с заболеваниями по-разному. Кроме того, сборка полной последовательности ДНК для некоторых частей генома остаётся нетривиальной задачей.

Получается, что учёные обладают огромными объёмами данных NGS, но им часто недостаёт специализированных знаний и навыков для анализа. Даже после освоения базовых навыков работы с «сырыми прочтениями» возникают сложности с пониманием сложных алгоритмов и инструментов, скрывающихся за привычными интерфейсами. Без глубокого понимания принципов работы программ исследователи упускают детали, которые ведут к ошибкам в интерпретации результатов. Итог: проекты замедляются, а вопросы к геному только множатся.

Неудивительно, что курс «Анализ NGS-данных» от Бластим пользуется таким спросом: только за последние три года он прошёл семь раз, а в наших alumni-чатах более 300 выпускников, которых мы поддерживали во время обучения и продолжаем общение после.

Бластим: курсы и работа в биотехе

31 августа 2024 13:12

— Просто добавили воды! — Но у Вас же даже воды нет… 😬

Верить в гомеопатию или нет? Это личное дело каждого. Но мы хотим предостеречь тех, кто приходит в аптеку за средствами с доказанной клинической эффективностью и попадает в ловушку ложных ожиданий. Доверяй, но проверяй — принцип, который часто игнорируется даже самыми тревожными из нас. И это нормально. Абсолютный цинизм тоже не приносит счастья.

Что такое гомеопатия?

Гомеопатия — это альтернативный метод лечения, основанный на принципе «подобное лечится подобным». Суть: вещество, вызывающее симптомы болезни, может и лечить эти заболевания. Но его нужно принимать в очень маленьких, сильно разведённых дозах. Настолько сильно разведенных, что современные методы анализа не могут обнаружить в препарате действующее вещество. И его не может там быть просто математически.

Гомеопатия идёт против себя?

Всё чаще на упаковках гомеопатических препаратов вы не найдёте слова «гомеопатия». Вам даже предложат «значительную» концентрацию действующеего вещества, но с маленькой звёздочкой. Тот, кто будет упорным и проверит, что означает сноска, обнаружит то самое многократное разведение. Или же вы можете найти странные единицы измерения, не существующие в классической науке.

Гомеопатию могут маскировать под благородно звучащие «релиз-активные препараты». Даже с ссылками на клинические испытания. Иногда все оформлено по стандартам и отчеты есть на ClinicalTrials.gov. Но, к сожалению, лишь немногие из нас полезут смотреть на цифры. А там — статистически значимой разницы между опытными группами и группой плацебо нет. Зато в пресс-релизах есть красивая визуализация данных, где не обошлось без манипуляций и оптических иллюзий. Кстати, об этом мы подробно рассказываем на нашем курсе «Статистика, R и анализ данных».

#выходные_у_бластим

Бластим: курсы и работа в биотехе

27 августа 2024 16:23

Дорогие друзья,

Представляем вашему вниманию дружественный нам канал «ИБХФ РАН. Новости» @ibcp_ras_news – официальный новостной канал Федерального государственного бюджетного учреждения науки Института биохимической физики им. Н.М. Эмануэля Российской академии наук!

Основные тематики канала:

🔹 Научная жизнь института РАН
🔹 Интервью сотрудников
🔹 Анонсы профильных конференций и конкурсов
🔹 Новые разработки российских ученых

🔎 Если вы в поиске места для выполнения дипломного или диссертационного исследования, научно-исследовательской работы, вам может быть интересна видеозапись Дня открытых дверей ИБХФ РАН, прошедшего в онлайн-формате

#Бластим_рекомендует

Бластим: курсы и работа в биотехе

25 августа 2024 13:26

🤝 Под одним из прошлых постов мы спрашивали, что вам интереснее: антропология или трукрайм. В ожесточенной гонке голосов с двукратным преимуществом побеждает антропология. Поэтому сегодня поговорим о ней в эпоху генетических исследований.

Мировые проекты, такие как UK Biobank, All of Us и China Kadoorie Biobank, создают обширные базы данных о генетическом разнообразии человечества. Но вот в чем загвоздка: эти проекты не охватывают многие этнические группы, такие как якуты, ненцы, чукчи, коми, ханты, манси, коряки, эвенки и мнооооогие другие малочисленные народы (всего их в России больше 190!). Национальная генетическая инициатива «100 000+Я» пытается восполнить этот пробел. Проект нацелен на создание базы генетических данных 100 000 россиян, включая редкие народности.

Что же помогает изучению генетического разнообразия хайповать? 🧐

Особенности геномов отдаленных популяций, сформированных под влиянием «нестандартных» условий среды, могут стать ценным источником информации для понимания биохимии человека. Они могут помочь в исследовании редких заболеваний, факторов долголетия, а также быть любопытными с точки зрения истории человечества.

Представьте себе традиционную ловлю нерпы у арктических народов:

Зимой, когда море покрыто льдом, нерпы дышат через лунки во льду. Охотники находят эти лунки и могут часами, а иногда и днями, лежать неподвижно на морском льду, выжидая, когда нерпа всплывет для вдоха. Используя гарпун или копье, он точно наносит удар, чтобы добыть животное. Нерпы сверхчувствительны к движениям на поверхности, поэтому охотник должен быть осторожным. А тем временем температура воздуха ниже 50 градусов, а влажность стремится к 100%... Не очень верится, что такая морозоустойчивость человека обходится без с генетических особенностей теплообмена и метаболизма.

Бластим: курсы и работа в биотехе

22 августа 2024 15:29

Продолжаем тему о том, как быть в тренде 😎

⚡️ Не пропустите бесплатное и насущное мероприятие: до старта конференции «Клиническая диагностика и персонализированная медицина» осталось три недели!

Вас ждут выступления более 80 экспертов с опытом в самых разных областях науки и медицины. Будут все горячие темы: персонализированная медицина, диагностика, наш родной NGS, проблемы антибиотикорезистентности, CRISPR-Cas (куда же без него). А еще ожидается холивар на тему «ТФМ: per aspera ad colon», который будет модерировать Алексей Водовозов (уже пересматриваете его обзоры прорывов в медицине?). И это далеко не всё! Больше информации в программе конференции здесь.

Сюрприз 😉
На конференции будем и мы! Не упустите возможность познакомиться с Александрой Фильковой — методистом Бластим, к.б.н. и научным сотрудником РНИМУ им. Н.И.Пирогова. Обсудим, как всегда, вопросы только на злобу дня: представим тот самый подробный обзор зарплат, расскажем о нашем опыте рекрутинга в науке и о том, как образовательные проекты помогают индустрии.

📌 Дата и место встречи: 10-11 сентября, Центр событий РБК (Москва)
📌 Регистрация: здесь
📌Участие бесплатное

И еще один секретик 🤫
Организаторы нашептали нам, что Троицкий инженерный центр и Центр технологий и микрофабрикации ФНКЦ ФХМ им. Лопухина ФМБА России объявили набор на любопытные вакансии... Ищут выпускников, аспирантов, постдоков, инженеров и программистов. Подробности в комментариях к посту

Бластим: курсы и работа в биотехе

19 августа 2024 14:06

🤠 Не все герои носят плащи — некоторые в белых халатах.

Если вы хотите, как Никита, быть готовыми к любым научным вызовам, приходите в Бластим — здесь вы получите все необходимые навыки. А еще мы всегда стремимся поддерживать тех, кто искренне хочет развиваться в биоинформатике.

⚡️ Поэтому мы запускаем конкурс, где на кону невероятная скидка 90% на наш флагманский курс «Анализ NGS-данных». Нам хочется услышать всех!

Как принять участие? Всего три шага:

📌 Сформулировать мотивацию: почему этот курс важен именно для вас, как навыки в анализе NGS-данных изменят вашу карьеру, как планируете использовать их в будущем.
📌 Рассказать о мотивации нам, заполнив короткую анкету до 23 августа.
📌Дождаться результатов, которые будут объявлены 25 августа на бесплатном вебинаре «Совместный анализ клинических данных и микробиоты».

Каждый участник получит персональную скидку 10%.

Сроки конкурса: 19.08 - 23.08
Объявление победителей: 25.08

Ждём ваших вдохновляющих историй — возможно, именно страсть к знаниям откроет путь к новым возможностям 🤞

Реклама: ООО «Бластим» ИНН 7716966359 erid:2VtzqvsRfV7

Бластим: курсы и работа в биотехе

18 августа 2024 15:59

2/3

О чем может быть pet project?

📍Для начинающих: только начали анализировать NGS данные

Работа с открытыми данными
Используйте данные с платформ, таких как NCBI GEO или ENA, чтобы провести анализ RNA-Seq или ChIP-Seq данных и создать интерактивные визуализации.

Анализ сходства ДНК
Сравните геномы различных видов, чтобы определить их эволюционные связи. Кто же из современных существ является ближайшим родственником тирекса, например?

Аннотация геномов
Выберите организм, который еще недостаточно исследован. Это может стать вашим первым серьезным вкладом в науку.

📍 Для уверенных пользователей: знакомы с анализом данных и программированием

Автоматизация анализа данных
Создайте инструмент или скрипт, который автоматизирует обработку больших объемов данных для экономии времеми и улучшения воспроизводимости результатов.

Метагеномный анализ
Изучите, как микробиом человека или других организмов изменяется в зависимости от различных условий.

Создание базы данных
Постройте собственную базу данных для хранения и анализа биологических данных.

📍 Для продвинутых: машинное обучение и deep learning

Предсказание структуры белков
Разработайте модель машинного обучения, которая будет предсказывать структуру белков.

Single-cell RNA-Seq
Создайте модель для анализа данных, кластеризации и визуализации.

Модели для предсказания активности ферментов
Разработайте алгоритм, который будет предсказывать активность ферментов на основе их аминокислотной последовательности или структуры.

📍 Проекты в биостатистике

Анализ клинических данных
Используйте открытые данные клинических исследований для проведения статистического анализа и проверьте эффективность лечения.

Прогнозирование исходов лечения
Разработайте статистическую модель, которая будет предсказывать исходы лечения на основе демографических данных, результатов анализов и истории болезни пациентов.

Бластим: курсы и работа в биотехе

15 августа 2024 11:09

Мы заметили, что вам понравился наш трукрайм-пост об одной из самых таинственных загадок в истории Австралии. Но Океания хранит ещё много интересного! Например, в этом регионе полно случаев таинственного исчезновения туристов... Эти места не только поражают красотой, но и скрывают мрачные тайны 🫣

Пока новый материал готовится, предлагаем погрузиться в другой не менее удивительный мир — историю народов Океании.

🌊 Океания — это не просто группа островов в Тихом океане. Это целая вселенная, разбросанная по бескрайним водным просторам, где каждый остров — отдельный уникальный мир. Представьте себе: если собрать всю сушу Евразии, Африки, обеих Америк, Австралии и Антарктиды и поместить в Тихий океан, этого будет недостаточно, чтобы закрыть его целиком. Океания — это олицетворение безграничного пространства, где расстояние между островами порой измеряется тысячами километров.

Несмотря на такие преграды, человек всё-таки смог освоить эти удалённые уголки Земли. Теперь на каждом из этих островов живут потомки смелых мореплавателей, которые не побоялись бросить вызов стихии. Кто же они, откуда пришли, как им удалось выжить в столь суровых условиях и кто их предки? 🤨

Если хотите узнать больше о невероятных народах Океании, которые заселили самые удалённые уголки планеты, не пропустите наш прошлый материал по ссылке.

А также ставьте реакции, чтобы показать, что вам интересно: захватывающая антропология — 👍 или таинственные трукрайм-истории — 🌚? Ваш выбор поможет нам определиться с темой следующего материала.

Бластим: курсы и работа в биотехе

13 августа 2024 11:24

Не пора ли перевести наши отношения на новый уровень? 😏

Хотите познакомиться с сообществом Бластим ближе и оценить качество наших курсов? Интенсив «Экспресс Linux для NGS» — это идеальная возможность погрузиться в мир анализа больших данных и получить полное представление о том, как мы работаем, по доступной цене. За 4550 р. вы не только освоите работу с NGS, но и узнаете, как легко и эффективно расширять научные перспективы вместе с Бластим. Это шанс пообщаться с нашими преподавателями и кураторами, узнать больше о наших подходах и принципах. А в качестве бонуса — актуальные скилы в анализе NGS-данных 😄

В программе:
📌 Основы работы в Linux, терминале и Bash
📌 Знакомство с сервером и настройками
📌 Работа с текстовыми файлами и таблицами
📌 Скачивание файлов
📌 Управление сессиями с помощью tmux
📌 Основы текстового редактора vim
📌 Практическое задание по анализу NGS-данных

Дата: 17-18 августа
Время: с 10:00 до 15:00 (Мск)
Формат: онлайн

🔗 Узнайте больше и зарегистрируйтесь

⚡️ Все участники «Экспресс Linux для NGS» смогут продолжить обучение на полном курсе «Анализ NGS-данных» с персональной скидкой, равной стоимости интенсива.

Бластим: курсы и работа в биотехе

08 августа 2024 09:36

🍽 Гастрофест от Blastim!

Закуски – начинаем с лёгкого

🍞 Экспресс Linux для NGS (17-18 августа) – доступный, как и бутерброд с маслом – мы за него умереть готовы!

🧀 Бесплатный вебинар «Совместный анализ клинических данных и микробиоты» (25 августа) – новое на нашей кухне.

🌶 Бесплатный Special от Владимира Шитова (29 сентября) – пикантные нотки машинного обучения.

🥝 Бесплатный Special вебинар от Ивана Позднякова (13 октября) – насыщенный вкус статистики.

Горячее – для плотного обеда

🍗 Анализ NGS-данных (9-20 сентября) – наша котлетка с пюрешечкой – её хотят все!

🍛 ML на Python (15 октября - 30 ноября) – насыщенный и полезный, как борщичек, с капусткой, но не красный!

🥟 Статистика, R и анализ данных (28 октября - 17 ноября) – идеальный баланс удовольствия и мяса, как в пельмешках.

Extra – особые предложения на десерт

🧇 Я пообещал себе больше никаких сладостей! Зачем ты одурманила меня, вафелька «Как искать и находить работу в науке и не только» (18 ноября - 2 декабря). Все для вашей карьеры.

🌭 Ученый будущего (3-21 декабря) – в школе мы даже и подумать не могли, какой простор для работы предоставит нам искусственный интеллект! Наш нашумевший, как булочка с сосискою, курс по ИИ обновился и стал хот-догом!

Работа работой, а самое вкусное по расписанию с Blastim!

Бластим: курсы и работа в биотехе

06 августа 2024 18:03

3/3

Shotgun метагеномика — это работающий способ узнать больше о микробном сообществе. Однако метагеномика не лишена недостатков. В сообществе могут встречаться гены, чья функция до сих пор не установлена, что оставляет в общей картине белые пятна. Кроме того, наличие определенных генов ничего не говорит об их экспрессии, и для получения этой информации нужна уже метатранскриптомика.

✨ Сделать первые шаги в метагеномике можно на нашем самом популярном курсе «Анализ NGS-данных». Приходите триммировать, картировать, аннотировать, собирать, снипколлить в компании профессионалов. А до 9-го августа еще можно успеть на регистрацию по выгодной цене! ⚡️

Подготовлено при участии Анны Кузнецовой

Бластим: курсы и работа в биотехе

12 сентября 2024 18:34

Друзья, вы знаете, что Бластим очень тщательно выбирает преподавателей — каждый из них уникальная личность и заслуживает отдельного поста. Взять хотя бы харизматичного лектора одного из ближайших наших курсов — Ивана Позднякова. Сегодня история о том, как лирик начал программировать и добился успехов на поприще, где господствуют физики.

🏛 Выпускник психфака МГУ Иван закончил магистратуру по когнитивной нейронауке Вышки. Типичный путь в его области — вечно «стоять с магнитной катушкой и мерить амплитуду дерганья руки». Однако Ивану больше нравилось копаться в данных, анализировать, строить графики. Он пробовал и матлаб, и питон, но покорил его все-таки 🔤. Иван с головой ушел в мир этого языка программирования, превратившись в его большого фаната.

Поддерживать в себе огонь энтузиазма в науке бывает нелегко. Ивану понадобилось на время уйти из академии и поработать дата-аналитиком в IT-компании, чтобы осознать, что карьера в индустрии — это не его. В то же время, по словам Ивана, круто иметь в запаснике такие навыки, которые в будущем всегда можно монетизировать😉

🧠 Ученых всех времен интриговали три проблемы: происхождение Вселенной, Жизни на Земле и, пожалуй, самая сложная — происхождение Разума и Сознания! Иван Поздняков возвращается в большую науку и его интересы лежат как раз в сфере computational neuroscience: он мечтает глубже разобраться в устройстве мозга и понять, как миллиарды нейронов составляют то, чем мы думаем… Это бездна для исследований и применения продвинутых вычислительных инструментов.

✍️ На досуге Иван занимается и вещами для души. Вместе с филологами из Потсдама он участвовал в проекте по digital humanities: команда DraCor анализировала пьесы на разных языках и строила графы связи персонажей, находя совершенно неожиданные нюансы в общеизвестных произведениях. Весомым профессиональным достижением Иван считает публикацию пакета rdracor на CRAN. Соблюсти высокие стандарты и попасть на главный репозиторий оказалось отнюдь не просто, даже для опытного R-щика.

👨‍🏫 Еще у Ивана талант преподавателя и много благодарных выпускников — студентов, аспирантов, постдоков. R-энтузиаст и активный участник комьюнити, Иван на занятиях не только учит кодингу, работе с dplyr и ggplot2, но и показывает синтаксический сахар, делится байками и ценными советами из практики, знакомит с трендами в датавизе. Это позволяет легче усваивать материал: в «поздняковскую» статистику трудно не влюбиться. Приходите лично познакомиться с Иваном на программу по анализу данных на R в этом октябре. Оно того стоит🥰

Бластим: курсы и работа в биотехе

08 сентября 2024 14:59

«У нас было два пакетика акарбозы, семьдесят пять капсул ресвератрола, пять пакетиков Чрезвычайно Активного Ингредиента (ЧАЙ), солонка, наполовину наполненная глицином, и целое море разноцветных витаминов, а также литр кофе, ящик энергетиков с таурином, пинта чистой комбучи и двенадцать пузырьков элеутерококка. Не то чтобы всё это было категорически необходимо в поездке, но если уж начал собирать коллекцию, то к делу надо подходить серьёзно…»

Биохакинг — это практика, направленная на улучшение качества и продолжительности жизни с помощью различных методов: от изменения образа жизни до медицинских вмешательств. Однако важно учитывать, что не все техники биохакинга имеют серьезную доказательную базу.

Наука — верный друг в поисках истины, поэтому предлагаем некоторые исследования.

❗️Дисклеймер: высокая эффективность на мышах, часто не подтверждается на людях

😻 Таурин, аминокислота, известная своим присутствием в энергетических напитках и кошачьем корме, на самом деле обладает любопытным потенциалом. Исследование прошлого года показало, что таурин снижает многие биомаркеры старения у мышей и обезьян, но его уровень с возрастом падает. Зато увеличивается от физических нагрузок!

💊 Карбоза, или акарбоза, лекарство для контроля уровня сахара в крови у диабетиков 2 типа. Эксперимент продемонстрировал, что можно увеличить среднюю продолжительность жизни мышей на 41,4% и 32,5% соответственно. Также карбоза улучшила толерантность к глюкозе, физическую активность, предотвратила потерю массы тела и выпадение волос. Но учтите, что это диабетический препарат и принимать его нужно после консультации с врачом.

☕️ А теперь о чем-то, что точно есть у каждого на кухне. Чай и кофе содержат кофеин, который помогает дольше жить. По сравнению с теми, кто не пил кофе, мужчины и женщины, выпивавшие как минимум 5 чашек в день, имели на 24% и 28% меньший риск смертности. Зеленый чай в отличие от черного также был связан со сниженным риском сердечно-сосудистых заболеваний.

🐭 Глицин, аминокислота, популярная среди студентов во время сессии. Она, согласно исследованиям, может оказывать антиэйдж эффект на мышей и, возможно, в будущем людей. Добавка 8% глицина привела к небольшому (4-6%), но статистически значимому увеличению продолжительности жизни у обоих полов грызунов.

Пока другие ученые ищут «эликсир молодости», вы можете смело наслаждаться чаем или кофе и смотреть видео Александра Панчина про биохакинг.

#выходные_у_бластим

Бластим: курсы и работа в биотехе

05 сентября 2024 15:25

🔥 Лучшая вакансия этой осени: DS-Биоинформатик в Кситест

Кситест — лидер рынка геномной селекции животных в России. Компания обслуживает тысячи клиентов и имеет контракты на несколько лет вперед. А еще Кситест — это сильная команда специалистов, уникальные массивы данных, проекты в реальном секторе.

Что вас ждет на технической стороне:

✅ язык разработки: Python
✅ оркестрация пайплайнов: Airflow
✅ хранилище данных: Postgres, S3, ClickHouse
✅ модели: TensorFlow, классический ML и биоинформатические пакеты

Ожидается, что вы:

1️⃣ умеете писать производительный и качественный код и готовы пройти путь от идеи до внедрения в продакшн
2️⃣ берете на себя ответственность, не боитесь сложностей. А если сталкиваетесь с проблемами — решаете их или сообщаете
3️⃣ если вы сильны в коде и ML, но не разбираетесь в биологии, вас научат всему необходимому. И наоборот, если вы эксперт в генетике, но хотите развить навыки в ML и программировании — вам помогут!

Ваши ключевые навыки:

✏️ матстат и тервер: понимание основ и опыт построения ML-моделей — плюс
🐸 желательно понимание азов биологии
💯 опыт работы с биоинформатическими пакетами — большой плюс
🐾 уверенные навыки программирования на Python и SQL
🌱 знание популяционной генетики будет преимуществом
👍 опыт разработки и поддержки ML-продуктов — существенный плюс

Что предлагают:

🏠 офис в центре Москвы, возможность удаленки или релокации обсуждается
🏝 свободный график, привязанный только к важным встречам и звонкам
☀️ полная или частичная занятость
💰 конкурентная зарплата

Посмотреть примеры проектов и откликнуться можно на сайте: ссылка

#бластим_вакансии

Бластим: курсы и работа в биотехе

01 сентября 2024 13:39

Есть и другая причина. Преподаватели на нашем курсе — настоящие асы: Евгений Герасимов, Алексей Зарубин, Анна Попенко, Дарья Бородко, Дмитрий Тычинин, Владислав Бабенко, Павел Мазин, Степан Тощаков, Даниил Бобровский. Круче только сборная России по синхронному плаванию.

📌 Наши эксперты готовы делиться не только теоретическими знаниями, но и практическими лайфхаками, приобретёнными за годы работы.
📌 Учебные ассистенты будут сопровождать вас на каждом этапе, и никакой вопрос не останется без ответа.
📌 Курс подойдёт как для новичков в биоинформатике и биологии, так и для тех, кто хочет углубить знания: перед началом предоставляются все необходимые материалы для плавного погружения в методы секвенирования, R, Linux и молекулярную биологию.

И главное — после курса всё только начинается! Кейсы, выполненные для реальных проектов, отлично подойдут для вашего CV. Здесь мы вас тоже не оставим: подскажем, как выгодно подчеркнуть навыки и опыт перед работодателем, и ответим на все карьерные вопросы. Об этом говорят и наши ученики. Их отзывы и программу можно найти здесь.

А пока вы читали этот текст, где-то уже нагенерировались гигабайты нуклеотидных последовательностей. Поторопитесь научиться с ними работать!

Начинаем курс уже совсем скоро: 9 сентября.
Обучение онлайн и оффлайн в Москве.
Последнее повышение цены: 2 сентября.

⚡️ Осталось 14 мест

Бластим: курсы и работа в биотехе

01 сентября 2024 13:39

«Везунчик» или везунчик? Как проиграть в генетической лотерее, но отыграться благодаря секвенированию?

Ник Волкер родился в 2004 году в Висконсине. С двух лет он страдал от тяжёлого заболевания, вызывавшего воспаление кишечника. Каждый раз при приёме пищи естественным путём возникали инфекции и незаживающие раны. Ника перевели на питание через трубку и внутривенно. В результате организм был крайне истощён, и общее состояние только ухудшалось.

Врачи были в полном смятении: несмотря на множество тестов, диагноз поставить никак не удавалось. Ник стал известен как «самый больной ребёнок» в Детской больнице Висконсина. Более 800 дней в больнице, 172 операции, частые случаи сепсиса и бесчисленное количество лекарств. Врачи перестали надеяться на чудо и готовили родителей к худшему.

В 2009 году группа врачей из Медицинского колледжа Висконсина под руководством генетика Говарда Джейкоба приняла радикальное решение. Было решено «прочитать» ДНК Ника полностью — новаторская технология тех лет. И это при том, что стоимость секвенирования даже только экзома в те годы составляла $100 000. А гарантий постановки диагноза никто не давал. Но других вариантов не оставалось.

К тому времени уже была доступна «эталонная» версия человеческого генома, полученная в рамках проекта «Геном человека». Команда Говарда Джейкоба написала программу для анализа различий между геномом Ника и референсной последовательностью. В ходе анализа исследователи обнаружили мутацию в гене XIAP, которая и вызывала редкое иммунное заболевание. Единственным возможным лечением для Ника стала трансплантация костного мозга. Операцию успешно провели, и состояние Ника начало улучшаться.

Бластим: курсы и работа в биотехе

28 августа 2024 11:04

⚡️ Секрет
У институтов есть деньги на ваше дополнительное обучение! Иначе почему столько студентов обучаются у нас за счет своих НИИ? И вы тоже можете это сделать.
Ставьте плюсик в комментариях, и мы поделимся подробной инструкцией 👨‍💻

Бластим: курсы и работа в биотехе

25 августа 2024 13:27

А теперь вспомним рацион чукчей, в котором килограммы жиров животного происхождения. И никаких атеросклеротических бляшек в сосудах! Конечно, образ жизни северных народов тоже играет роль в формировании такой контринтуитивной картины. Но есть и генетическая гипотеза: у арктических народов могли развиться особенности, помогающие эффективно усваивать жиры и минимизировать их негативное влияние на здоровье.

Примеры таких адаптаций можно приводить долго. Ставьте 🤔, и мы расскажем больше.

А с точки зрения истории не обойтись без налета детектива: кеты и американский след 🤨

Кеты, малочисленный народ Сибири с уникальной культурой, привлекают ученых в том числе и языком, который разительно отличается от всех соседских. Однако, кетский отдалено похож на языки на-дене, которые распространены среди индейцев на западе Канады и Аляске. Если предки коренных народов Америки пересекли Берингов пролив из Сибири 15–20 тысяч лет назад, то именно кеты — потомки тех групп, которые остались в Сибири. Так, генетические исследования могут пролить свет и на другие исторические вопросы антропологии.

☝️ К слову про Pet Projects:

Сейчас любой желающий может провести генетический тест и узнать о своем происхождении. Тесты показывают вероятные регионы и этнические группы, связанные с геномом. Но важно помнить, что результаты не являются истинным отражением этнической принадлежности, а лишь предполагают возможные регионы происхождения на основе генетических маркеров. Базы данных и методы анализа еще развиваются.

«Сырые» данные генетического теста можно анализировать и самостоятельно. Существует множество онлайн-ресурсов и программ. А если вы хотите начать погружение в анализ данных секвенирования с Blastim, то курс «Анализ NGS-данных» стартует через 2 недели. Успейте в предпоследний вагон: завтра цена на курс увеличится!

#выходные_у_бластим

Бластим: курсы и работа в биотехе

24 августа 2024 15:04

Как же быстро летит время... Уже завтра в 11:00 случится наш бесплатный вебинар «Совместный анализ клинических данных и микробиоты» 🤩

Напоминаем, что будет:

📙 «Сухие» биологи познакомятся с клиническими исследованиями микробиоты
📘 «Мокрые» попробуют себя в статистике и программировании
📗 «Загулявшие» в отпуске плавно вольются в рабочий ритм

Отличная новость: вебинар будет конферансить Вита ⚡️

Костров и песен под гитару не обещаем. Но! Обязательно пообщаемся о том, как провели лето, обсудим планы на осень и настроимся на продуктивный научный сезон.

А теперь о приятных бонусах для всех зарегистрировавшихся:

🎁 Бессрочный доступ к записи вебинара
🎁 Запись вебинара «Создание библиотеки: выделение единичных клеток, захват РНК, обратная транскрипция, секвенирование»
🎁 Набор инструментов для анализа single-cell данных

Регистрация на теплый «вебинарник» у Бластим туть: https://u.to/1x7XIA 🍁

Бластим: курсы и работа в биотехе

21 августа 2024 11:53

Да кто такой этот «Совместный анализ клинических данных и микробиоты»? Почему совместный? С кем совместный?

Конечно, с нами! 🤗

Мы уже упоминали о нашем новом бесплатном вебинаре, который состоится совсем скоро — 25 августа. И раз уж он называется «Совместный анализ клинических данных и микробиоты», то мы настроены на максимальный интерактив. Соберемся и совместненько все проанализируем. Вы узнаете, как работать с микробиомными данными в контексте клинических исследований.

🫵 Этот вебинар предназначен для тех, кто увлекается биоинформатикой, геномикой или микробиологией на любом уровне. Да и вообще для всех, кто соскучился по нашим уютным и «семейным» встречам — будет много живого общения и полезностей, это гарантируем.

В программе:
📍Как правильно собрать и подготовить пробы для анализа
📍Какие методы статистического анализа применять в клинических исследованиях
📍Как провести статистический анализ микробиоты в R

Спикер:
Анна Попенко — действующий эксперт в биоинформатике и биомедстатистике с впечатляющим опытом работы.

Вишенка на торте:
Мы объявим результаты нашего конкурса в конце вебинара! Спасибо всем, кто уже заполнил форму. Нам очень приятно получать такие сообщения: «Пока не придумал, как эти навыки буду применять, но будет полезно их освоить — да и просто нравится с вами работать» 😘

Спойлер:
Заявок пока не так много... Шансы победить очень высокие!

Давайте проведем последнее воскресенье лета вместе — полезно и приятно!

Бластим: курсы и работа в биотехе

18 августа 2024 15:59

3/3

Где искать вдохновение?

📌 Coursera, edX, Kaggle, Rosalind — эти платформы помогут вам не только получить знания, но и найти идеи для PP.
📌 Участвуйте в научных конференциях и хакатонах, где обсуждаются тренды.
📌 Сообщества, такие как Science Buddies, BioStars, Reddit, могут стать отличными источниками советов.
📌 Чтение новостей об актуальных исследованиях.

Pet projects — идеальный способ развивать свои навыки, экспериментировать с новыми идеями, создавать что-то уникальное. Независимо от того, новичок вы или эксперт, биоинформатика предлагает огромное пространство для творчества.

😶 А если вдруг что-то не получается, вы застряли на сложной задаче или чувствуете, что не хватает навыков для следующего шага, — не переживайте. Blastim всегда готов прийти на помощь. Мы поможем вам освоить всё необходимое в сжатые сроки и максимально эффективно.

#выходные_у_бластим

Бластим: курсы и работа в биотехе

18 августа 2024 15:59

1/3

Какого питомца выбрать? Забудьте про кошек и собак — выбираем pet project. Гипоаллергенно!

Pet project (PP) — это личный исследовательский проект выходного дня. В мире биоинформатики это может быть всё, что угодно: от анализа генома до создания сложного аналитического инструмента.

Зачем pet project?

👏 Практика
Вы не просто читаете книги или проходите курсы, а создаете что-то, что работает и решает конкретные задачи.

👑 Портфолио
Успешный PP можно включить в портфолио и показать потенциальным работодателям. Это отличный способ выделиться среди других кандидатов и продемонстрировать свои умения.

🤘 Свобода
PP дает возможность экспериментировать с новыми идеями и методами. Вы можете не ограничивать себя рамками коммерческих задач или требований.

🤌 Удовольствие от процесса
В РР вы контролируете всё — от идеи до реализации. Это принесет огромное удовольствие. Просто поверьте.

Бластим: курсы и работа в биотехе

14 августа 2024 11:52

Лаборатория клеточных технологий на базе ФГБУ «НМИЦ АГП им. В.И. Кулакова» Минздрава РФ приглашает научных сотрудников, владеющих основными методами клеточной и молекулярной биологии, направленные на генетические модификации клеточных культур.

Обязанности:
▫️Анализ научной литературы;
▫️Планирование и проведение экспериментов;
▫️Постановка методик культивирования клеток и их анализа;
▫️Проведение экспериментов и ведение лабораторного журнала;
▫️Обработка результатов экспериментов, подготовка публикаций и отчетов.

Требования:
🔸Высшее биологическое, медицинское, химико-фармацевтическое, химическое или физико-техническое образование;
🔸Опыт написания заявок, публикаций и отчетов;
🔸Полный рабочий день.

Вашим преимуществом будут:
🔹Научная степень;
🔹Опыт работы в разработке биологических препаратов или на фармацевтическом производстве;
🔹Знание методов фармацевтического анализа;
🔹Опыт оформления фармацевтической разработки, разработки и валидации аналитических методик;
🔹Опыт упаковки вирусных векторов;
🔹Знание программ для работы с нуклеотидными последовательностями, методов построения филогенетических деревьев, умение самостоятельно подбирать праймеры;
🔹Опыт использования препаративной фильтрации и хроматографии для очистки биотехнологических продуктов;
🔹Опыт работы в зарубежной лаборатории;
🔹Наличие научных публикаций индексируемых в базах данных Scopus, WoS, изобретений;
🔹Навыки управления.

Условия:
▪️Возможно предоставление жилья для иногородних, поступление в аспирантуру.

Зарплата:
✔️Зарплата по результатам собеседования (от 100 000 рублей)

#бластим_вакансии

Бластим: курсы и работа в биотехе

10 августа 2024 14:29

Я закончил(а) курс. Что дальше?🤔

На этот вопрос на заключительном занятии курса «Python для анализа данных в науке» отвечала Инга Егорова, профессиональный карьерный консультант.

Делимся основными рекомендациями, как не дать приобретённым знаниям обесцениться:

😬 Практика
Применяйте навыки в реальных проектах: участвуйте в конкурсах на платформах вроде Kaggle или работайте над pet-проектами. Практический опыт — лучший способ закрепить знания.

🛍 Новинки
Биоинформатика — быстро развивающаяся область. Подпишитесь на научные журналы, блоги, YouTube-каналы, чтобы оставаться в курсе последних исследований и технологий.

🤝 Единомышленники
Присоединяйтесь к профессиональным сообществам онлайн или офлайн. Это могут быть форумы, группы в социальных сетях или конференции. Общение с коллегами расширит ваши горизонты и поможет обмениваться опытом.

🤫 Ошибка? Это хорошо!
В биоинформатике многое работает через метод проб и ошибок. Ошибки — часть процесса обучения. Если что-то не получается, попробуйте придумать новый подход.

😥 Смежные навыки
Сильный биоинформатик должен разбираться в программировании, математике и биологии. Изучайте новые языки программирования (например, R или Python), математические методы или углубитесь в молекулярную биологию.

➕ Новые вызовы
Не останавливайтесь на достигнутом. Ставьте перед собой новые задачи — участие в конференции, получение стажировки или разработка собственного инструмента для анализа данных.

⭐️ Долгосрочные цели
Биоинформатика может показаться сложной и запутанной, но каждый шаг приближает к значимым результатам. Держите в уме конечную цель — это поможет сохранять мотивацию.

Развитие в биоинформатике — марафон, а не спринт. Завершение курса здесь – важный этап, но настоящее приключение только начинается.

Удачи 🥰

Бластим: курсы и работа в биотехе

07 августа 2024 11:23

Открыта регистрация на Курчатовский геномный форум (КурчатовГенТех-2024), который состоится в Москве 21 – 22 октября.

В рамках форума планируется работа четырех секций:

- Геномика. Эра больших данных;
- Конструирование живых систем. От селекции до синтетической биологии;
- Биотехнологии на острие технологического суверенитета;
- Животные модели в исследованиях здоровья и болезней человека.

Кроме того, программа КурчатовГенТех включает научно-практический симпозиум по структурной биологии.

В форуме можно принять участие в качестве слушателя, стендового или устного докладчика.

Все тезисы устных и постерных докладов, представленных авторами в рамках КурчатовГенТех-2024, будут опубликованы в сборнике трудов форума, который индексируется в РИНЦ.

Организатором выступает головная научная организация Федеральной научно-технической программы развития генетических технологий на 2019 – 2030 годы НИЦ «Курчатовский институт».

Отправить заявку на участие и посмотреть программу можно на сайте форума: https://genrussia.ru/genforum

Реклама. Буланов Сергей Сергеевич ИНН:391429829755 erid:2VtzquoRmZd

Бластим: курсы и работа в биотехе

06 августа 2024 18:03

2/3

🙂 Какова же последовательность современного метагеномного анализа?

Сначала ДНК образца нарезается случайным образом, после чего фрагменты секвенируются. Затем их необходимо упорядочить и реконструировать в согласованную последовательность, уже по которой можно будет сделать вывод о видовом составе микроорганизмов в сообществе и их роли в нем.

😶 Поскольку данные состоят из коротких считываний (ридов), необходим этап сборки, который создает длинные последовательности из коротких. Далее требуется сортировка «каши» из последовательностей по принадлежности к таксономическим группам — биннинг.

❓ Есть несколько способов определить, какому микроорганизму принадлежит последовательность. Например, это может быть анализ частоты использования кодонов, поскольку известно, что данная характеристика зависит от набора транспортных РНК и представляет собой уникальный «почерк» микроорганизма.
Другой вариант — анализ степени покрытия: широко представленные в сообществе микроорганизмы обладают широким покрытием, слабо представленные — узким. Вместе собираются контиги с одинаковым покрытием.
Кроме того, контиги можно собирать по сигнатурным наборам генов — это гены, которые содержаться в одной копии в любом геноме прокариот. В сборке должен быть полный набор этих единичных генов.

🧙 По итогу сборки получаются MAGи. MAG — это геном, собранный с помощью метагенома. Он представляет собой сборку одного таксона. В дальнейшем полученные MAGи нужно аннотировать. Как правило этот процесс начинается с автоаннотации: программа разбивает MAGи на белок-кодирующие последовательности и определяет входящие в их состав гены. Однако автоматика часто оперирует не самыми последними данными и требует дальнейшей ручной обработки или комбинации различных программ.